Cette pratique est sous le feu de gens qui pensent que le fait de tester le sexe est humiliant, faisant peu de cas des sentiments humains, et quoi qu'il arrive pas entièrement fiable ou efficace. Ces tests sont particulièrement compliqués ou problématiques, dans le cas de gens qui peuvent être considérés comme intersexuels. Les tests génétiques peuvent potentiellement fournir des résultats imprécis, et stigmatisent des femmes ayant des problèmes de développement sexuel. Des anomalies génétiques peuvent permettre à une personne d'avoir un matériau génétique masculin, mais être physiologiquement une femme
Un commentaire publié dans le journal de l'Association médicale américaine précise :
« Les tests de vérification de genre sexuel sont compliqués, chers, et potentiellement imprécis. Pire, ces tests échouent à détecter tous les imposteurs potentiels (par exemple, des mâles 46,XX), sont discriminatoires envers des femmes avec des problèmes de développement sexuel, et peuvent avoir des conséquences dramatiques pour les athlètes qui “échouent” au test »
L'article ajoute aussi :
« La vérification du genre sexuel a longtemps été critiquée par des généticiens, endocrinologues, et d'autres dans la communauté médicale. Un des problèmes majeurs était d'exclure injustement des femmes qui avaient un défaut de naissance impliquant les gonades et les organes génitaux externes (i.e. pseudohermaphrodisme masculin) (...)
Un second problème est que seules les femmes, pas les hommes, sont stigmatisées par les tests de genre sexuel. Un suivi systématique était rarement mis en place pour les athlètes féminines “échouant” au test, qui se traduisait souvent par un “déballage” sur la place publique. Le suivi était crucial, car le problème n'était pas les imposteurs masculins, mais bien la confusion causée par la méconnaissance du pseudohermaphrodisme masculin. »