Les plus célèbres ouvrages de son œuvre complète, classés chronologiquement, avec leurs années de publication et de réédition :
Les titres latins de chaque ouvrage étaient suivis d’une traduction libre du titre, comme par exemple celui de la 2e édition du 3e volume : "Ceci est la description complète et la représentation exacte des villes et lieux les plus respectables de Haute et de Basse Alsace, et des régions voisines, le Sundgau, le Brisgau, le comté de Montbéliard, et d’autres régions."
Merian avait classé ses 16 volumes par ordre chronologique, mais ne les avait pas numéroté. Ce sont ses héritiers seulement qui commencèrent à inscrire une numérotation dans le registre principal de 1672, numérotation toutefois arbitraire et non conforme à la présentation d’usage de l’époque. La numérotation ci-dessus tient compte des résultats d’études récentes qui constituent aussi la base de numérotation des éditions fac-similées de la maison d’édition Bärenreiter-Verlag.
La première édition d’un volume de la Topographia était à chaque fois complétée, quelques années après sa publication, d’un volume dit «en annexe», lequel était par la suite intégré à la deuxième édition actualisée. Tous les volumes connurent au moins deux éditions remaniées et complétées.
Depuis la publication du premier volume de la Topographia en 1642, tous les volumes furent préparés en vue de l’impression et édités dans la maison d’édition propre de Merian, à Francfort-sur-le-Main ; l’impression était en partie confiée à des imprimeurs de Francfort, et notamment aux imprimeries de Wolfgang Hoffmann et de Johann Georg Spörlin.
Après la mort de Matthäus Merian le 19 juin 1650, ses fils Matthäus le Jeune et Caspar reprirent la direction de la maison d’édition sous le nom de Matthäus Merians Seel. Erben. En 1687 la maison d’édition passa aux mains de la troisième génération, c’est-à-dire à Johann Matthäus Merian (1659-1716), un fils de Matthäus Merian le Jeune, qui fut plus tard anobli et élu au Geheimen Rat par le prince électeur de Mayence. Après la mort de Johann Matthäus en 1716 ce fut sa nièce, Charlotte Maria von Merian (1691-1729) qui dirigea l’entreprise jusqu’à sa dissolution en 1727.
En plus des nombreuses éditions de la Topographia publiées par la maison d’édition Merian, il y eu entre autres les éditions pirates hollandaises par la dénommée Bande Suisse de 1644 ainsi que des impressions tardives étrangères à la maison d’édition à partir de plaques originales. Enfin, il existe également les toutes premières impressions d’Ulm, non illustrées, avec des textes de Martin Zeiller.