Le secteur des transports maritimes et de la logistique génère près de 4 % du produit intérieur brut du pays et emploie 130 000 personnes en Suisse. À ce titre, le port fluvial de Bâle, situé dans les eaux internationales du Rhin depuis la Convention de Mannheim de 1868, assure 15 % du commerce international de la Suisse.
Le pays possède également une marine marchande composée de 36 navires au 1er juillet 2008 de 1 000 tonneaux ou plus de jauge brute totalisant 597 049 tonneaux exploités par cinq sociétés d'armateurs et enregistrés à Bâle.
À l'intérieur du pays, 16 compagnies de navigation gèrent plus de 140 navires offrant au total quelques 70 000 places qui parcourent les 12 lacs navigables du pays ainsi que les 65 km navigables du Rhin de Bâle à Rheinfelden, puis de Schaffhouse au lac de Constance.