Les différents aérodromes du pays sont classifiés en cinq catégories différentes dans le « plan sectoriel de l'infrastructure aérienne » (PSIA), outil national de planification et de coordination pour l'aviation civile. Ce plan a été approuvé dans son ensemble en octobre 2000 ; par la suite, chaque installation mentionnée sur ce plan doit également être certifiée comme remplissant un certain nombre de critères, parmi lesquels les conditions générales de l'exploitation, l'exposition au bruit, ou la protection de la nature et du paysage.
La première catégorie regroupe les trois aéroports nationaux, chargés de raccorder la Suisse aux centres européens et mondiaux du trafic aérien, à savoir les aéroports internationaux de Zurich et Genève-Cointrin (dont les concessions ont été renouvelées pour 50 ans le 1er juin 2001) et celui de Bâle-Mulhouse (aéroport tri-national partagé entre la Suisse, l'Allemagne et la France). Si les aéroports de Genève et Bâle visent une croissance basée sur les stratégies « low cost » des transporteurs, Zurich, par contre, préfère fixer des tarifs plus élevés permettant de financer des installations plus importantes. Ce dernier est utilisé comme hub par la compagnie nationale Swiss International Air Lines.
La seconde catégorie concerne les aérodromes régionaux qui sont au nombre de dix et destinés à l’aviation d’affaire et de tourisme ainsi que dans la formation aéronautique et l'aviation sportive. Les aérodromes suivants sont actuellement en service : Berne-Belp, Birrfeld, Bressaucourt, Ecuvillens (Fribourg), Granges, Lausanne-Blécherette, Les Éplatures, Lugano, Samedan et Sion. Un onzième aérodrome, celui de Saint-Gall Altenrhein, n'a pas obtenu sa concession en 2008.
Les champs d'aviation, troisième catégorie définie par le PSIA, répondent avant tout aux besoins de l’aviation privée et de la formation aéronautique. En 2008, 43 installations entrent dans cette catégorie, dont quatre sont répertoriées comme « champs d'aviation d'hiver » temporaires, à savoir Blumental Lauberhorn, Männlichen, et le Schwarzsee.
Lorsqu'un aéroport militaire compte plus de 1 000 vols civils par année, ou qu'ils représentent plus de 10 % du total des vols, cet aérodrome est alors compris dans le PSIA. En 2008, seul l'aéroport militaire de Payerne remplit cette condition ; les aéroports militaires de Buochs, d'Emmen et de Mollis accueillent également des vols civils, mais sans toutefois atteindre les limites mentionnées.
Le pays compte officiellement 24 héliports (outre les aérodromes qui peuvent également accepter des hélicoptères), utilisés soit pour le tourisme, soit pour les vols de sauvetage ou d'approvisionnement dans les régions difficiles d’accès, soit encore dans le travail aérien. Deux de ses héliports (Gstaad-Inn Grund et St.Moritz) sont hivernaux et temporaires alors qu'un nouvel héliport est en construction à Interlaken et devrait voir le jour en 2009.
En plus des cinq catégories mentionnées, l'office fédéral de l'aviation civile s'occupe également des « places d'atterrissage en montagne » (PAM), définis dans une première loi de 1963 qui fixait alors à 48 le nombre de places reconnues. Cette loi est revue en 2003 lors d'un « Réexamen des places d'atterrissage en montagne (PAM) » et fait l'objet d'une nouvelle révision en 2008 ; avant cette révision, 25 places sont définies pour tous types d'aéronefs et 24 uniquement pour hélicoptères, dont 13 à usage restreint.
Historiquement, la compagnie nationale suisse est Swissair, créée sous le nom de Schweizerischer Luftverkehrs AG le 26 mars 1931 par la fusion de deux petites compagnies. Après avoir prospéré jusqu'en 1995, la compagnie, base du conglomérat SAirGroup, connait de nombreuses difficultés suite en particulier à son incapacité à rejoindre l'une des grandes alliances mondiales entre transporteurs. Après plusieurs problèmes financiers, la compagnie se trouve finalement à court de liquidités le 2 octobre 2001, jour où l'ensemble de ses appareils est cloué au sol ; la compagnie est dissoute quelques mois plus tard et une nouvelle compagnie, baptisée Swiss International Air Lines (souvent abrégé simplement Swiss), est alors créée le 31 mars 2002 grâce au financement de la Confédération et des cantons sur la base de l'ancienne compagnie privée bâloise Crossair. Le 23 mars 2005, la compagnie aérienne allemande Lufthansa rachète Swiss pour un montant de 70 millions de francs suisses.
En 2008, Swiss dispose d'une flotte de plus de 70 appareils (dont 25 long-courriers) principalement de la marque Airbus et qui ont au total accompli plus de 100 000 vols au cours de l'année.
Parmi les 32 autres compagnies aériennes officiellement répertoriées en 2008 dans le pays, on trouve en particulier Edelweiss Air, Farnair Europe, Belair, Baboo (précédemment appelée FlyBaboo), Darwin Airline, Helvetic Airways, EasyJet Switzerland, Sky Work Airlines, Hello, Air Glaciers et Air Zermatt. Enfin, les principales compagnies aériennes mondiales disposent également d'une autorisation d'exploitation en Suisse, délivrée par l'office fédéral de l'aviation civile.
Chaque année en Suisse, quelques 40 millions d'animaux d'élevage sont transportés par la route, dont 23 millions pour être conduits à l'abattoir. Selon la loi fédérale sur la protection des animaux, ces transports doivent être effectués avec ménagement et sans retard inutile ; en particulier, la durée du trajet ne doit pas excéder six heures à compter du lieu de chargement.
Concernant le commerce international, pour des raisons relevant de la protection des animaux et de la conservation des espèces, le Conseil fédéral peut subordonner à certaines conditions l’importation, l’exportation et le transit d’animaux et de produits d’origine animale, les limiter ou les interdire. L’importation de viande kascher et de viande halal pour assurer un approvisionnement suffisant des communautés juive et musulmane en viande de ce type est réservée. Le droit d’importer et le droit de se procurer de la viande kascher ou halal sont réservés aux membres de ces communautés ainsi qu’aux personnes morales et aux sociétés de personnes qui leur sont affiliées.
La Suisse n'autorise pas le transit d'animaux de boucherie vivants, par route, en provenance de l'Europe sur son territoire, en raison des lois plus contraignantes en la matière édictées par la Suisse. Elle fait partie en revanche du système TRACES qui est un système informatique vétérinaire intégré mis en place à l'échelle européenne utilisé par les autorités vétérinaires pour échanger des informations relatives au trafic transfrontalier d'animaux, de denrées alimentaires et de sous-produits d'origine animale.