L'Université de Vilnius en Lituanie (lituanien : Vilniaus universitetas ; polonais : Uniwersytet Wileński ; russe : Виленский университет) a été fondée en 1579.
L'Université de Vilnius (Wilna) a été fondée par les Jésuites. Un rôle décisif dans la fondation de l'université de Vilnius a été joué par l'évêque de Vilnius, Valerijonas Protasevičius (Protasewicz, 1504-1579), qui est mort l'année de son ouverture. Les Jésuites ont été chargés pendant deux siècles de l'Université de Wilna.
L'acte de confirmation de l'université impériale en date du 4 avril 1803, signé par Alexandre Empereur de Russie, précise que l'ancienne "Université de Wilna" fondée en 1578, et réorganisée en 1781, prendra la dénomination d'Université impériale de Wilna.
En 1823, répression à l'Université de Vilnius : des étudiants sont arrêtés ; en 1824 des professeurs de l'Université sont destitués, notamment l'historien Joachim Lelewel.
1832 - La sévère répression qui suit l'insurrection polonaise de 1830 provoqua la fermeture de l'Université de Vilnius, symbole du nationalisme polonais et lituanien. En 1832, l’Université de Vilnius a été fermée, ainsi que les écoles supérieures, mesure qui obligea les étudiants à poursuivre leurs études dans des établissements estoniens, ukrainiens ou russes.
L'université a été rouverte en 1919. Elle participe aux échanges inter-universitaires européens du Réseau d'Utrecht.
La bibliothèque universitaire a été fondée en 1570, elle a été désignée en 1965 comme bibliothèque de dépôt de l’Organisation des Nations unies et de ses composantes ; elle recueille aussi les documents de l’UNESCO. Elle conserve actuellement 5 300 000 publications.
Le programme Mémoire du monde de l'UNESCO vise la conservation et la diffusion des collections d'archives et de bibliothèque partout dans le monde