En 2003, l'université a quatre campus - trois dans les limites municipales de Jérusalem et un à Rehovot - et environ 23 000 étudiants.
Le mont Scopus (hébreu : Har HaTzofim הר הצופים), dans la partie est de Jérusalem, est l'endroit où se trouvent la faculté des sciences humaines, la faculté des sciences sociales, la faculté de droit, l'École internationale Rothberg, le Centre étudiant international Frank Sinatra, l'Institut de recherche pour l'avancement de la paix Harry S. Truman, l'Institut d'études juives Mandel ainsi que l'École de politique publique, récemment créée.
Le campus Givat Ram, situé dans la partie centrale de la ville (Knesset, Bureaux du Premier ministre, etc.), contient les départements scientifiques, ainsi que la Bibliothèque nationale juive et universitaire.
Le campus Ein Kerem est situé dans le même complexe que l'Hôpital Hadassah d'Ein Karem. Même si les principaux objectifs de ce campus sont les départements médicaux et dentaires de l'université, se trouve également le département de biologie moléculaire.
La Faculté d'Agriculture et l'École vétérinaire sont situés dans la ville de Rehovot.