Cette famille comprend à l'origine de très nombreux genres et espèces. Des études menées par Frost et al. en 1989 et 2001 ont affiné le découpage de cette famille, réduisant significativement le nombre de genres inclus. Les autres genres ont été déplacés dans des familles séparées (Crotaphytidae, Hoplocercidae, Opluridae, Phrynosomatidae, Polychrotidae, Tropiduridae). Cette nouvelle organisation est plus ou moins acceptée selon les auteurs. Certains continuent donc d'utiliser l'ancienne classification et cette famille peut donc être présentée avec plus de genres.
Chez certains auteurs ces familles sont considérées comme des sous-familles des Iguanidae, qui portent les mêmes noms mais avec une terminaison en -nae ou lieu de -dae (Crotaphytinae, Hoplocercinae, Oplurinae, Phrynosomatinae, Polychrotinae, Tropidurinae). Dans ces classifications les genres ci-dessous sont donc regroupés dans la famille des Iguanidae et la sous-famille des Iguaninae.
Schulte et al. a étudié en 2003 les relation phylogénétiques entre un grand nombre de genres d'Iguanidae (mais pas tous) ce qui a conduit a construire un arbre de relation phylogénétique décrivant la proximité génétique de ces genres (voir cet arbre [pdf] sur le site de TIGR Reptile Database).