L'Île est habitée pour la première fois il y a environ 10 000 ans. Ces pionniers seraient venus par un isthme aujourd'hui recouvert par le détroit de Northumberland. Il semble que l'Île fut ensuite constamment habitée et que la chasse et la pêche donnait lieu à des migrations saisonnières. Les Micmacs arrivèrent sur l'Île il y a environ 2000 ans.
Les pêcheurs basques fréquentent l'Île dès le XIII mais ne s'y établissent pas de façon permanente. Aucune trace ne subsiste de leur présence. En 1534, Jacques Cartier est le premier explorateur européen à annoncer l'existence de l'île, qu'il décrit comme « la terre la plus belle que l'on puisse imaginer ».
Nicolas Denys obtient la concession de l'Île, appelée Île Saint-Jean à l'époque, vers 1653 mais il s’occupe uniquement des pêcheries et ne laisse après lui aucun établissement dans l’île. La France ne la colonise qu’après les traités d'Utrecht (1713). En 1719, une nouvelle concession de l’île et celle de Miscou est faite à un comte nommé Saint-Pierre qui envoie un groupe de colons l’année suivante. Un recensement en 1735 donne un total de 81 familles établies dans l’île. La colonie était dépendante de l'Île Royale. En 1748, il y avait 700 habitants. Après la déportation des Acadiens en 1755, 5000 habitants étaient sur l'île. Les Anglais forcèrent tous les habitants a quitter sauf quelques centaines. Ceci même avant le Traité de Paris en 1763.Plusieurs furent déportés en 1758 sous le commandement du Colonel Andrew Rollo sous les ordres du Général Anglais Jeffery Amherst pour capturé l'île. Après avoir quitté l'île, trois cents soixante moururent lorsque le navire Duke William coulla avec deux autres navires, le Violet (280 moururent) et le Ruby (213 moururent) le 13 décembre 1758, en route de Île St.-Jean vers la France.
La colonie est rebaptisée Island of Saint John. La population grossit de 4000 en 1798 à 62000 en 1850. En 1799, la colonie prit le nom de l'Île-du-Prince-Édouard, en honneur du fils du Roi George III, qui évoluait pour l'armée Anglaise à Halifax à l'époque.
La Conférence de Charlottetown en 1864 fut le début des pourparlers pour l'union des colonies. Les gens de l'île n'était guère intéressés en faire partie. Mais une dette massive causée par la construction d'un chemin de fer d'un bout à l'autre de la colonie les força à se joindre au Canada en 1873.
En 1987, une centaine de personnes tombent malades et deux meurent après avoir consommé des mollusques et crustacés contaminés à l'acide domoïque provenant de l'Île. L'industrie de la pêche s'effondre. De plus, la morue n'est plus pêchée après le moratoire de 1992.
En 1987, le débat sur la construction d'un lien fixe, un pont ou un tunnel, avec le continent refait surface. L'année suivante, le premier-ministre Robert Ghiz organise un référendum, où seulement 59% de la population se montre favorable à un pont. Le pont de la Confédération, dont les travaux ont débuté en 1994, est inauguré en 1997. Le Canadien National cesse quant à lui l'exploitation du chemin de fer en 1990, malgré les vives protestations des agriculteurs.
