Il n'est pas vraiment possible d'émettre un pronostic sur le développement dû à la variabilité des causes, tel que mentionné plus haut, les différents symptômes et l'étiologie. Chaque cas doit être évalué individuellement.
Le pronostic des enfants avec un syndrome de West cryptogénique est généralement plus positif que ceux ayant la forme idiopathique ou symptomatique. Les cas cryptogéniques ont moins de chances de démontrer des problèmes de développement avant le début des épisodes, ils peuvent être traités plus facilement et efficacement et le taux de rechute est plus bas. Les enfants avec ce type de syndrome sont moins à risque de développer d'autres formes d'épilepsie; environ 2 enfants sur 5 (40%) se développent au même rythme que les autres enfants.
Par contre, dans d'autres cas, le traitement du syndrome de West est relativement difficile et le résultat insatisfaisant; pour les enfants avec le syndrome de West idiopathique ou symptomatique le pronostic est généralement défavorable, particulièrement lorsque qu'il n'y a pas une bonne réponse à la thérapie.
Statistiquement, 5% des enfants avec le syndrome de West ne survivent pas au delà de la cinquième année, dans certains cas dû à la cause étiologique du syndrome, dans d'autres pour des raisons reliées à la médication. Moins de la moitié se libèrent entièrement des attaques avec l'aide des médicaments. Les statistiques montrent que le traitement produit un résultat satisfaisant chez 3 enfants sur 10, avec 1 sur 25 dont le développement cognitif et moteur se fait plus ou moins normalement.
Une grande proportion (jusqu'à 90%) des enfants souffrent de déficiences physiques et cognitives, même lorsque le traitement réussit. Ce n'est pas habituellement causé par les crises épileptiques elle-même, mais plutôt par les causes sous-jacentes (anomalies cérébrales, leurs emplacements ou le degré de sévérité). De plus, des épisodes sévères et fréquents peuvent endommager encore plus le cerveau.
Les dommages permanents habituellement associés dans la littérature avec le syndrome de West incluent l'invalidité cognitive, des difficultés d'apprentissage et des troubles de comportement, l'infirmité motrice cérébrale, aussi appelée paralysie cérébrale (jusqu'à 50% des cas), des désordres psychologiques et l'autisme (environs 30% des enfants). Encore une fois, l'étiologie de chaque individu doit être prise en compte lorsque les causes-effets sont débattues.
Aussi bien que 6 enfants sur 10 souffriront d'épilepsie en vieillissant. Parfois le syndrome de West se transforme en épilepsie partielle ou généralisée. Environ la moitié de tous les enfants développent le syndrome de Lennox-Gastaut.