L'archipel a longtemps été un abri pour les pêcheurs. Au XIXe siècle, le vivier de Saint-Nicolas était le plus grand de France pour les homards et les langoustes.
La production de soude pour les verreries, par brûlage des algues, a cessé au début du XXe siècle.
On y exploite le maërl, d'abord à la pelle, sur les îlots, puis par bateaux sabliers utilisant des dragues: des bennes dans les années 1960, puis des dragues suceuses. Le maërl des Glénan est utilisé comme amendement pour les cultures mais surtout dans le traitement des eaux potables, dans une cinquantaine de départements. L'exploitation trop intensive menace la régénération du maërl et la biodiversité.
L'État a accordé, en octobre 2005, une dernière concession aux sabliers, avant la fermeture définitive du site en 2011. Pendant 6 ans, pour les seuls besoins du traitement des eaux et dans une zone de 50 hectares ils sont autorisés à extraire chaque année 45 000 tonnes de maërl.
L'archipel n'est plus fréquenté que par quelques pêcheurs professionnels qui font escale à Saint-Nicolas. Tourisme et loisirs sont désormais les activités principales: liaisons par vedettes pendant l'été, écoles de voile et de plongée, deux restaurants.
Les problèmes à résoudre pour la municipalité de Fouesnant sont l'approvisionnement en eau, en énergie et la gestion des détritus : l'eau provient de citernes ou de puits et n'est plus potable, la production électrique assurée par l'éolienne et les panneaux solaires sur Saint-Nicolas est insuffisante et les détritus doivent être évacués par barges au cours de l'été.
L'archipel abrite une plante endémique, le Narcisse des Glénan, Narcissus triandus ssp capax.
Identifiée en 1803, et alors présente dans tout l'archipel, cette sous-espèce n'a cessé de régresser au fur et à mesure de la déprise agricole des îles : ce narcisse se développe en pelouse rase et l'abandon de l'élevage a entraîné l'apparition de landes broussailleuses. Dès 1924, on notait sa disparition presque complète. En 1974, à l'initiative de Bretagne Vivante - Société pour l'étude et la protection de la nature en Bretagne, une partie de l'Île Saint-Nicolas fut classée en réserve naturelle dont l'accès fut interdit par une clôture.
Cette mesure faillit entraîner la disparition complète du narcisse des Glénan : l'arrêt du piétinement et la poussée de la lande à fougères et ajoncs furent néfastes à la reproduction par graines (et non par bulbes) de la plante. En 1985, la réserve fut débroussaillée et la population de narcisse se remit à augmenter. Le maintien en pelouse rase est assuré désormais, soit par débroussaillage, soit par des animaux pâturant la réserve (moutons à l'origine, puis poneys et ânes).
À noter que les chercheurs ont récemment dû admettre que cette espèce n'était pas endémique, puisqu'elle existe également à l'état sauvage au Portugal et en Espagne. C'est à la fin du XIXème siècle qu'un bateau portugais rempli de bulbes et faisant route vers les Pays-Bas, s'échoua dans l'archipel avec sa cargaison. Le narcisse des Glénan est donc présent dans deux régions du monde : la péninsule ibérique et l'archipel des Glénan.
L'archipel est aussi classé réserve de pêche sous-marine.
Quelques maisons sont construites sur l'île Saint-Nicolas. Toute nouvelle construction est désormais interdite.