Dans le cadre du raidissement de l’État provoqué par la guerre d’Algérie, celui-ci envisage en 1957 de créer ici un « camp d’internement ». Le préfet fait d’autant plus tout pour l’en dissuader que les lieux contiennent, outre le centre de formation majoritairement peuplé de Nord-Africains, un Centre de Formation Professionnelle Militaire destiné aux Nord-Africains et un centre de passage des jeunes soldats mobilisés pour la guerre.
Le projet ne va pas jusqu’au bout mais s’installe, en parfaite discrétion, un centre pénitentiaire destiné aux condamnés partisans de l’indépendance de l’Algérie. 527 prisonniers intègrent le centre entre le 9 mars et le 18 avril 1962.
Se développe, sous l’autorité militaire, le Dépôt no 162 des prisonniers de guerre. Regroupant des militaires allemands et italiens, ce camp compte moins de 10 000 prisonniers en octobre 1944, entre 6 000 et 7 000 hommes en mai 1945, et est fermé le premier mai 1948. Les prisonniers ont amplement travaillé à la reconstruction des Pyrénées-Orientales. Mais, entre mai 1945 et 1946, 412 prisonniers de guerre allemands décèdent.
Créé en 1986, le centre de rétention administrative a d’abord eu pour objet de regrouper les ressortissants espagnols en situation irrégulière sur le territoire français. Ayant dépassé les mille entrées annuelles depuis 1994, il est, sur le territoire français, l’un de plus importants centres de rétention des immigrés clandestins. Déménagement du centre en 2007.
Courant juin, est rapatrié au Camp Joffre le 1er régiment de tirailleurs algériens. Il a emporté avec lui plusieurs centaines de civils, femmes et enfants. En octobre 1962, environ 8 000 Harkis séjournent au camp de transit et de reclassement de Rivesaltes (dont ceux en provenance du camp du Larzac et de Bourg-Lastic). En tout, selon les calculs d'Abderahmen Moumen, à peu près 20 000 personnes vont passer et s’entasser ici entre 1962 et 1964. Le séjour varie selon les familles : entre quelques jours pour certaines, voire en années pour d'autres. Les familles considérées comme "irrécupérables" - termes administratifs employés à l'époque - sont envoyés à la fin de l'année 1964 au camp/cité d'accueil de Saint-Maurice-l'Ardoise dans le Gard (jusqu'en 1975). Un "village civil" accueille encore plusieurs centaines de familles -ayant un emploi mais pas de logements - au camp de Rivesaltes durant les années 1960. En 1963, a aussi été créé un hameau forestier à Rivesaltes pour environ 25 familles d'anciens supplétifs (soit une centaine de personnes). La décennie suivante voit l'essentiel de cette population s'installer à la cité du Réart, construite sur la commune de Rivesaltes pour mettre fin à la situation de ces familles. Les dernières à quitter le site du camp le font en février 1977.
D’autres supplétifs coloniaux sont venus, accompagnés de civils : de 1964 à 1966 parviennent au camp environ 600 Guinéens, anciens militaires français, rapatriés et leurs familles, est présent un petit camp de familles d’anciens militaires rapatriées d' Indochine française.