Une grande partie du trésor de la cathédrale fut vendue au XIXe siècle (1833). Quelques pièces, telle la célèbre rose d'or ou le devant en or sur bois de chêne de l'autel majeur (http://www.musee-moyenage.fr/homes/home_id20393_u1l2.htm), se trouvent au musée de Cluny à Paris.
L'église fut aussi le centre du concile de Bâle. À cette occasion, sur la place de la cathédrale, le duc de Savoie Amédée VIII fut élu comme antipape sous le nom de Félix V (24 juillet 1440). Même si à l'origine elle était siège épiscopal, la cathédrale de Bâle est aujourd'hui une église protestante connue pour la tombe d'Érasme.