Le terme « Faubouloin » proviendrait de « Fou » ou « Fau » (hêtre en morvandiau) et du dieu gaulois « Belenos ».
La porte principale de la chapelle porte la date de 1558, date supposée de sa construction.
Elle appartint au marquis de la Tournelle au XVIIe siècle qui pourrait avoir érigé son clocheton ; l'intérieur n'aurait quant à lui été pavé qu'en 1881.
La chapelle de Faubouloin fut un important site de pèlerinage, jusqu'au début du XIXe siècle, à l'occasion du lundi de Pâques et du 8 septembre, fête de la Nativité de la Vierge Marie.
Durant la Première Guerre mondiale, on a constaté que quelques centaines de fidèles se rendaient encore à ces pèlerinages.
De nos jours, une messe est encore célébrée à l'occasion du 15 août, fête de l'Assomption de Marie.
Cette chapelle fait l'objet d'une inscription au titre des monuments historiques depuis 1943.