Décrypthon - Définition

Historique

Lors du Téléthon 2001, l’AFM et IBM lancent un appel à la mobilisation des internautes : « Mettez à la disposition de la recherche la puissance inutilisée de votre PC ». Objectif : réaliser la première cartographie du protéome : l'ensemble des protéines/molécules produites par les cellules.
Ce véritable défi scientifique, technologique et humain est alors relevé avec brio : 75 000 internautes mobilisés, des milliards de calculs complexes effectués, 550 000 protéines du monde vivant cartographiées. C’est une véritable bibliothèque de comparaison des protéines des différentes espèces du monde vivant (animal, végétal, humain). Elle contient près de 2,2 millions de fichiers répartis en 17 000 répertoires.

Tout cela en moins de 2 mois, alors qu’il aurait fallu plus de 1 170 années pour le réaliser à l’aide d’un seul ordinateur. Chaque ordinateur a contribué à hauteur d’environ 133 heures, soit plus de 10 millions d’heures de calcul au total. 21 serveurs IBM ont hébergé l’ensemble des solutions et des données pendant toute la durée de l’opération.

Forte de ce succès, l’AFM a lancé courant 2003 un appel d’offres pour promouvoir l'utilisation de cette base de connaissances. Quatre projets ont été retenus :

• un projet a été proposé par deux équipes du Département des Sciences de la Vie du CEA de Saclay (S Zinn-Justin et R Guerois) en association avec A. Poupon, du CNRS, laboratoire de génomique structurelle de la levure de l’université d’Orsay. Ce projet visait à étudier les relations entre la structure et les fonctions des protéines qui réduisent les risques d'anomalies génétiques chez l'homme et la levure.

Puis trois équipes de l’IGBMC d’Illkirch, J. Laporte et J.-L. Mandel, A. Pujol et J.-L. Mandel, G. Bey, F. Sirockin, F. Plevwniak et O. Poch ont proposé trois projets de complexité croissante ;

• un premier projet concernait l’identification et la caractérisation de protéines impliquées dans plusieurs maladies neuromusculaires, ainsi que la prédiction des domaines protéiques et des fonctions tissu-spécifiques ;

• un deuxième projet a consisté à l’analyse des protéines d’un organite cellulaire, le peroxysome, qui est impliqué dans de nombreuses fonctions métaboliques essentielles ;

• le troisième projet, à l’échelle d’un organisme, consistait à l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles chez Vibrio cholerae et les organismes Diabac (Diarrhoeal Bacteria) impliqués dans les pathologies diarrhéiques.

Deux projets ont été sélectionnés en 2003/2004. Le but était de démontrer la faisabilité d'un programme disposant de sa propre grille de calcul avant de le mettre à la disposition de toutes les équipes, de mettre en place la grille, et d’en tester le fonctionnement. Ces deux projets ont été portés avec succès sur la grille et en bénéficient pour leurs calculs.

Devant le succès de ces deux projets, une convention est signée en mai 2004 entre l'AFM, le CNRS et IBM, officialisant le projet alors nommé Décrypthon basé sur une grille de serveurs fournis gracieusement par IBM à 6 universités partenaires.

Au cours de cette période, 6 nouveaux projets ont été réalisés ou sont toujours en cours.

Actuellement

En 2007, le projet de l'équipe d'Alessandra Carbone lance sa phase préparatoire sur la grille de calcul mondiale et publique World Community Grid en calculant les interactions de 336 protéines. Il est alors connu sous le nom public « Help Cure Muscular Dystrophy » (HCMD). En 2009, après l'exploitation de l'expérience de la première phase, la deuxième étape du projet est lancée sur World Community Grid. Ce sont 150 000 internautes qui sont appelés pendant une année entière à se consacrer à l'achèvement de ce projet gigantesque.
Le projet actuellement en cours est le projet HCMD2 (Help Cure Muscular Distrophy) qui en est à sa phase 2.
Il est possible de suivre le pourcentage de calcul effectué grâce à une jauge présente sur la page d'accueil, et de façon plus précise sur une page de l'ENS Lyon.