L'église de Saint-André-d'Hébertot doit son origine au comte-évêque de Lisieux Hébert, qui créa la paroisse au milieu du XIe siècle et fit construire l'église actuelle. Le patronage de l'église fut donné, en 1240, par un de ses successeurs, Guillaume II du Pont-de-L'Arche, à l'abbaye de Joyenval qui en jouissait toujours au XVIe siècle.
Du fait de sa proximité avec le château, elle reçut le titre d’église seigneuriale, tout en restant sous l'autorité de l'évêque de Lisieux puis sous celle du diocèse de Bayeux et Lisieux.
L'église a été étudiée et photographiée par Eugène Lefèvre-Pontalis. Elle a subi, au XIXe siècle, des travaux de restauration
Elle est classée au titre des monuments historiques par arrêté du 21 mars 1910.