L'église possède deux orgues : le grand-orgue et l'orgue d'accompagnement. Les titulaires en furent parfois connus. Parmi eux :
Le grand-orgue comporte :
Il a été réalisé en 1852 par Aristide Cavaillé-Coll, l'un des plus célèbres facteurs d'orgue français de la période et dont le square situé devant l'église porte le nom. À l'origine, l'orgue ne comportait que 47 jeux répartis sur 3 claviers et 2 669 tuyaux.