La haute teneur en minéral de l'émail, qui fait de ce tissu le plus dur de tous les tissus humains, le rend aussi susceptible de subir un processus de déminéralisation qui survient souvent sous forme de carie dentaire. La déminéralisation peut survenir pour plusieurs raisons, mais la cause principale du développement des caries est l'ingestion de sucres.
Les sucres des bonbons, des boissons sucrées et même des jus de fruits jouent un rôle important dans la carie dentaire et par conséquent dans la destruction de l'émail. La bouche contient un grand nombre et une grande variété de bactéries, et quand le saccharose, le plus commun des sucres, couvre la surface de la dent, certaines bactéries buccales interagissent avec lui pour former de l'acide lactique, qui diminue le pH dans la bouche. Les cristaux d'hydroxyapatite de l'émail sont alors déminéralisés, permettant une invasion bactérienne plus importante et plus en profondeur dans la dent. La bactérie la plus impliquée dans la carie dentaire est Streptococcus mutans, mais le nombre et les espèces de bactéries varient en fonction de la progression de la destruction dentaire.
En outre, la morphologie de la dent veut que la localisation la plus commune pour un début de carie dentaire se situe dans des entailles, trous et fissures de l'émail. Ceci n'est pas étonnant car ces emplacements sont très difficiles voire impossibles à atteindre avec une brosse à dent, et permettent aux bactéries de s'installer là. Quand la déminéralisation de l'émail a lieu, un dentiste peut utiliser un instrument pointu, comme un crochet de dentiste, et sentir que " ça accroche " à l'emplacement de la carie. Comme l'émail se déminéralise toujours et est incapable d'empêcher les bactéries de s'accrocher, la dentine sous-jacente devient elle aussi atteinte. Quand la dentine, qui supporte l'émail en temps normal, est détruite par une carie ou autre souci de santé, l'émail est incapable de suppléer à sa friabilité et se détache facilement de la dent.
La cariogénicité (capacité à provoquer des caries dentaires) d'un aliment dépend de différents facteurs, comment par exemple la durée pendant laquelle les sucres restent dans la bouche. Ce n'est pas la quantité de sucre ingéré, mais la fréquence de l'ingestion de sucre qui est le principal facteur responsable des caries. Quand le pH dans la bouche diminue par ingestion de sucre, l'émail se déminéralise et reste vulnérable pendant 30 minutes environ. Manger davantage de sucre en une seule fois n'augmente pas la durée de la déminéralisation; de même, manger moins de sucre en une seule prise ne diminue pas la durée de déminéralisation. Ainsi, manger une grande quantité de sucre une seule fois dans la journée est moins néfaste qu'une très petite quantité ingérée à de nombreuses reprises tout au long de la journée. Par exemple, en termes de santé buccale, il est meilleur de manger un seul dessert au diner que de grignoter un sac de bonbons toute la journée.
Outre les invasions bactériennes, l'émail est soumis à d'autres forces destructrices. Le bruxisme (grincement de dent compulsif) détruit l'émail très rapidement. Le taux d'usure de l'émail, appelé attrition, est de 8 µm par an en temps normal. C'est une erreur commune de croire que l'émail s'use principalement par mastication. En fait, les dents se touchent rarement pendant la mastication. De plus, le contact normal des dents est compensé physiologiquement par le ligament périodontal et la disposition des dents quand la bouche est fermée. Les forces réellement destructrices sont les mouvements de parafonction (tels que la succion qu'elle soit digitale (le plus souvent le pouce) ou d'un objet (tétine ou linge), ou le bruxisme), qui peuvent causer à l'émail des dommages irréversibles.
Les autres processus de destruction non-bactérienne de l'émail comprennent l'abrasion (par des éléments étrangers comme les brosses à dent, ou les épingles ou tuyaux de pipe tenus entre les dents), l'érosion (par des processus chimiques faisant intervenir des acides, par exemple l'action du jus de citron), et parfois l'abfraction (par des forces de compression ou de tension).