La faune de Porto Rico a été assujettie à l’influence de l’homme depuis l’arrivée des ortoiroides, les premiers colons de l’archipel, il y a environ 4 000 ans. La faune indigène fut utilisée par la population de l’île comme source de nourriture, ou utilisée pour les peaux et le commerce. Un déclin significatif dans les populations et la diversité de la faune des îles a été entamé avec l’arrivée des colons européens au XVIe siècle. La destruction des habitats, résultant tout d’abord de la déforestation visant à implanter la culture de canne à sucre, eut un effet dévastateur sur la faune de Porto Rico durant la deuxième partie du XIXe siècle. De plus, les espèces introduites par l’homme comme le rat, le chat, la petite mangouste indienne et le crapaud buffle ont eu un profond effet sur la faune indigène. Les rats de l’île de Monito sont un facteur limitant pour l’abondance d’une espèce endémique, le gecko Sphaerodactylus micropithecus (gecko de Monito en espagnol). Les chats sauvages de l’île de Mona ont été observés attaquant la colombe à queue noire et des reptiles endémiques, et sont associés à la réduction des jeunes iguanes de Mona. Les petites mangoustes indiennes mangent des oisillons du perroquet de Porto Rico.
Les efforts de conservation comprennent à la fois la protection des espaces et des espèces. Approximativement 8,95 km2 (soit 3,4 % de la surface totale) divisés en 34 réserves sont protégés à Porto Rico. Selon l’IUCN, il y a 21 espèces menacées à Porto Rico : deux mammifères, huit oiseaux, huit reptiles et trois amphibiens. Le gouvernement fédéral des États-Unis place cinq mammifères, deux amphibiens, huit oiseaux et dix reptiles sous l’Endangered Species Act fédéral. Le gouvernement portoricain, à travers le « Département des ressources naturelles et environnementales » (DNER), possède sa propre liste d’espèces menacées incluant dix-huit espèces fortement menacées (trois amphibiens, sept oiseaux, trois reptiles, deux poissons et trois invertébrés) et quatorze espèces en danger. Le DNER s’appuie le plan de classification de l’IUCN pour fixer les priorités de sauvegarde des espèces.
Les oiseaux reçoivent actuellement la plus grande attention vis-à-vis de la conservation. Le plan de sauvegarde le plus efficace est certainement le plan de sauvegarde du perroquet de Porto Rico. Initié en 1968, son objectif principal était de relever le statut du perroquet portoricain de critique à menacé d’ici l’horizon 2020. Les autres objectifs étaient l’établissement de deux réelles populations sauvages distinctes (500 individus ou plus durant 5 ans), la protection de l’habitat de ces populations et le contrôle des prédateurs, parasites et autres espèces entrant en compétition avec le perroquet. Actuellement, la population totale de perroquets sauvages est estimée à 44 individus, et 105 oiseaux sont en captivité. Ce programme fut fondamental dans le développement de la conscience écologique à Porto Rico.
Le Puerto Rico Breeding Bird Survey (PRBBS), établi en 1997, est un programme dont le but est de contrôler le statut et les tendances d’évolution des populations d’oiseaux nichant à Porto Rico. Les informations rassemblées par ses études sont utilisées par United States Fish and Wildlife Service (USFWS) pour fixer les priorités en termes de conservation des oiseaux. L’USFWS mène d’autres programmes de conservation, notamment sur les oiseaux migrateurs à Porto Rico et aux îles Vierges, et entretient cinq refuges pour la vie sauvage à Cabo Rojo, Laguna Cartagena, Vieques, Culebra et Desecheo. D’autres institutions œuvrent pour soutenir la conservation des oiseaux à Porto Rico comme la société ornithologique portoricaine et l'association d’histoire nationale de Porto Rico.
La préservation des milieux marins attire également l' attention à Porto Rico. L’archipel a environ 1 128 km de côtes et 3 370 km2 de récifs coraliens. Le département des ressources naturelles de Porto Rico préserve 25 aires marines mais seulement deux sont interdites à toute intervention humaine. Toutes les espèces de tortues des eaux de Porto Rico sont considérées comme menacées plus ou moins fortement. Des programmes de conservation menés par le gouvernement des États-Unis et l’association Earthwatch ont contribué à éveiller l’attention du public sur le problème des tortues et ont ainsi permis une diminution de la consommation d’œufs et de viande de tortue.