Gérard Chouquer (né en 1948 dans les Ardennes, France) est un chercheur, historien et archéogéographe, qui consacre ses travaux à l'étude de la dynamique des paysages, à l'histoire de l'arpentage et du cadastre, et à l'épistémologie des disciplines géohistoriques.
Agrégé d’histoire en 1974, Gérard Chouquer est recruté au Centre national de recherche scientifique (CNRS) en 1980. Il est directeur de recherches depuis 1997. Il soutient une thèse sur les « cadastres romains » à Besançon en 1982, puis une habilitation à diriger des recherches en 1993 à Tours. Depuis 2001 il est nommé au sein de l'UMR 7041 du CNRS « Archéologie et Sciences de l’Antiquité » (Paris-Nanterre) et est habilité à diriger des thèses à la Sorbonne. Gérard Chouquer enseigne l’archéogéographie à l’université de Coimbra (Portugal) et donne quelques cours annuels dans cette discipline à l’université de Paris 1 Panthéon-Sorbonne et à l’École d’architecture de Versailles.
De 1997 à 2004, il a été membre du comité d'expertise « Politiques publiques et Paysages » au Ministère de l'Aménagement du Territoire et de l'Environnement. De 2000 à fin 2007, il a animé les travaux du Groupe de Recherches du CNRS « Traité de l'Espace des Sociétés Rurales Anciennes » (TESORA). Depuis 2004, il est rédacteur en chef de la revue Études rurales et membre, depuis 2007, du Centre d'études archéologiques des universités de Coimbra et de Porto (Portugal), où il développe des programmes archéogéographiques.
En 2007, il a été élu secrétaire de l'association France International pour l'Expertise Foncière, constituée sous le patronage de l'Ordre des Géomètres-Experts. En 2008, il a été coopté au Comité Technique « Foncier et Développement » du Ministère des Affaires Étrangères et Européennes et de l’Agence Française de Développement, où il représente FIEF.
Il est également membre du comité d'orientation de deux revues : Cosmopolitiques et Agri centuriati.
Depuis 2000, Gérard Chouquer formalise une discipline hybride, l'archéogéographie, dont il a repris le nom chez l’historien Robert Fossier. Il en rédige le traité et il l’enseigne en France et au Portugal.
Il a réuni un premier colloque d'archéogéographie à Paris en septembre 2007. Gérard Chouquer considère que les phénomènes de transmission et de transformation brouillent la répartition périodisée des objets paysagers, telle qu’on croyait pouvoir la faire en géographie historique et en archéologie du paysage. Il défend l'idée que les objets habituels des recherches sont entrés dans une crise positive et qu'ils peuvent être recomposés.
Après un premier essai publié en 2000 aux éditions Errance, il a publié à Coimbra et Porto en 2007 un nouvel essai préfacé par Bruno Latour et présenté par Jorge de Alarcão. En 2008, il a publié le premier tome du Traité d’archéogéographie intitulé La crise des récits géohistoriques.
Gérard Chouquer est un spécialiste de l'étude de l'arpentage et de l'histoire du cadastre. Il s'est formé sur le terrain des centuriations romaines au Centre de Recherches d'Histoire Ancienne (Besançon), en participant à la mise au point de techniques de repérage des orientations des parcellaires. Ses résultats sont signalés dans l’Encyclopædia Universalis en 1985, dans l'article de Roger Agache sur l'archéologie aérienne. Il a découvert les localisations des plans cadastraux d'Orange, identifié des centuriations inédites en France et en Italie et il est devenu un spécialiste des textes des gromatici veteres
Cette spécialité l'a conduit, par extension, à s'intéresser à l'histoire du cadastre. Il entretient une collaboration régulière avec l'Ordre des Géomètres-Experts, en participant aux publications de l'ordre sur l'histoire de la profession, en contribuant à la revue Géomètre, et en œuvrant aujourd’hui à la diffusion internationale du savoir-faire français en matière de cadastre.