Pour établir le diagnostic clinique, il faut retrouver les éléments suivants : des lésions typiques ou atypiques et une culture ou d’autres résultats à des tests diagnostiques spécifiques.
La culture, après prélèvement au niveau de la lésion, demeure la méthode de prédilection à cause de sa spécificité, de sa sensibilité et de sa capacité de typer la souche du virus. Le typage de la souche est souhaitable dans la plupart des cas pour permettre de mieux prévoir les récurrences ainsi que de fournir des renseignements pertinents sur la susceptibilité du partenaire. La réaction en chaîne par polymérase (PCR) permet également d'en établir le diagnostic.
Elle consiste en la détection d'anticorps dirigés contre le VHS dans le sang du patient. La détection de ces derniers signe un contact antérieur avec le virus mais de manière retardée. La sérologie a une application clinique limitée. Elles peuvent être utilisées pour déterminer si les femmes enceintes qui n’ont pas d’antécédents d’herpès symptomatique sont à risque. Elle ne peut déterminer naturellement s'il s'agit d'une primo infection ou d'une récidive mais peut définir le type de virus en cause (VHS I ou 2).
Il s’agit du premier épisode avec signes chez un patient n'ayant jamais été au contact du VHS jusque-là.
On observe une éruption vésiculeuse et ulcérative aux points d’inoculation du virus ou à proximité. L’infection est localisée au niveau des organes génitaux externes, du pubis, du périnée et des régions périanales, ainsi qu’au niveau du col de l’utérus, de l’anus ou de l’urètre, suivant le type de contact. Une adénopathie (gros ganglion) au pli de l'aine, douloureuse, est fréquente. L'éruption guérit sans traitement, en règle générale, en une dizaine de jours.
Elle est observée chez des personnes ayant ou non des épisodes symptomatiques. Elle s’effectue à plusieurs endroits au niveau des organes génitaux et elle est plus fréquente dans le cas du VHS-2.