Il est généralement admis que l'histoire de l'hypnose commence au XVIIIe siècle avec le médecin allemand Franz Anton Mesmer et le magnétisme animal, terme qu'il commence à utiliser à partir de 1773, à la suite d'une polémique avec le père jésuite Maximilian Hell à propos de l'utilisation thérapeutique de plaques aimantées inventées par ce dernier. Mesmer est le premier à avoir « l'ambition de donner une interprétation enfin rationnelle à des phénomènes que l'on peut décrire sous le terme général de « transe » et qui, tels quels, semblent désigner l'irrationnel ou la magie ». Il postule l'existence d'un fluide magnétique universel dont on peut faire une utilisation thérapeutique.
Lors de traitements collectifs autour de son célèbre « baquet » se manifestent des phénomènes contagieux de « crises magnétiques » au cours desquelles les femmes de la meilleure société perdent leur contrôle, éclatent d'un rire « hystérique », se pâment, sont prises de convulsions... Un témoin décrit une crise en détail : « La respiration était précipitée; elle étendait les deux bras derrière le dos en les tordant fortement, et en penchant le corps en devant; il y a eu un tremblement général de tout le corps; le claquement de dents est devenu si bruyant qu'il pouvait être entendu du dehors; elle s'est mordu la main, et assez fort pour que les dents soient restées marquées ».
Armand Marie Jacques de Chastenet de Puységur, alias le marquis de Puységur, commence à pratiquer le magnétisme animal à partir de 1784 pour soigner les maux de ses vassaux dans son domaine de Buzancy dans le Soissonnais. C'est le 4 mai, alors qu'il tente de soulager par le magnétisme un jeune paysan, Victor Race, alors âgé de 24 ans, que Puységur constate, au lieu des convulsions de la crise mesmérienne qu'il attend, que Victor tombe dans un sommeil calme et profond. À son grand étonnement, Victor, bien qu'apparemment endormi, manifeste une activité mentale intense, s'exprime sans son patois et sur des sujets qui excèdent ses préoccupations habituelles.
Alors qu'il reproduit ces expériences les jours suivants, une autre chose étonne le marquis : lors de ses accès que Puységur qualifiera de « somnambulisme provoqué » ou « sommeil magnétique » , Victor semble capter ses pensées et ses désirs sans qu'il ait besoin de les formuler. Par ailleurs, lorsqu'il est en transe, Victor aide Puységur à diagnostiquer les maux des autres malades et lui explique la conduite à tenir envers eux. On parlera de « lucidité magnétique » pour qualifier la clairvoyance des somnambules sur leur propre maladie, sur celle des autres et sur les remèdes qui leur conviennent.
En 1784, les deux commissions nommées par Louis XVI pour étudier la pratique du magnétisme animal concluent que l'imagination est la véritable cause des effets attribués au magnétisme et nient l'existence du fluide.
Parmi les successeurs de Mesmer, certains continuent à croire dans l'existence du fluide, tels Puységur ou Deleuze. D'autres, tels l'abbé Faria, le baron Henin de Cuvillers ou le médecin Alexandre Bertrand, rejettent la notion de fluide et se trouvent à l'origine des théories modernes de l'hypnose.
On sait aussi que Sigmund Freud avait été durablement impressionné, étant jeune, par le magnétiseur public danois Carl Hansen.
En 1885, Freud bénéficie d'une bourse de voyage de la faculté de médecine de Vienne et passe quatre mois à la Salpêtrière avec Charcot. En 1886, s'inspirant des travaux de son maître parisien, il donne une conférence à Vienne sur l'hystérie masculine et, en 1887, il devient lui-même praticien de l'hypnose. En 1889, Freud se rend à Nancy avec sa patiente Anna von Lieben pour rencontrer Liébeault et Bernheim, dont il a traduit en allemand le livre De la suggestion & de ses applications à la thérapeutique.
Cette même année, il décide d'appliquer la méthode de Pierre Janet qui est parvenu à guérir des malades de leurs symptômes en retrouvant et désuggérant sous hypnose divers souvenirs traumatiques de leur enfance. Freud passe ensuite à la méthode cathartique de Joseph Breuer, utilisant l'hypnose pour faire revivre affectivement à ses patients des événements traumatiques oubliés.
Dès l'automne 1892, Freud délaisse progressivement l'hypnose proprement dite au profit de la « concentration » à l'état de veille et surtout de la « Druckprozedur » consistant à presser sur le front des patients et à leur demander d'évoquer une idée ou une image. Cette technique, que Freud avait hérité de Bernheim restait une technique de type hypnotique qui avait notamment été utilisée par le magnétiseur danois Carl Hansen.
Abandonnant progressivement l'hypnose, Freud trouve une limite dans son application du fait de la variabilité de la suggestibilité des patients. À la suite de Charcot, il considère que le modèle des patients susceptibles d'être influencés devrait être les hystériques mais que, même pour ces personnes, la technique de suggestion et/ou l'hypnose ne fonctionne pas suffisamment pour fonder un traitement.
En 1917, lors de la dixneuvième conférence d'introduction à la psychanalyse, il déclare: « je suis en droit de dire que la psychanalyse proprement dite ne date que du jour où l'on a renoncé à avoir recours à l'hypnose ».
En dépit de l'interdit freudien, de nombreux psychanalystes ont continué à s'intéresser à l'hypnose et à la pratiquer. Parmi ces derniers, on peut mentionner en particulier Sandor Ferenczi.
Plusieurs éminents psychanalystes ont contribué à une résurgence de l'hypnose au XXe siècle. On compte notamment parmi eux Lawrence Kubie, Léon Chertok ou François Roustang. Les rapports entre hypnose et psychanalyse ont également été étudiés par des philosophes tels Isabelle Stengers, Michel Henry et Mikkel Borch-Jacobsen.