Jacques Guillemeau publia ses œuvres de 1585 à 1612, elles présentent de nombreux avantages sur les publications antérieures. Tout d'abord, elles sont rédigées en français, comme celles d'Ambroise Paré, mais avec un souci pédagogique de clarté et de précision. En outre, elles abordent des sujets inédits, notamment en matière d'obstétrique et de pédiatrie et proposent des techniques chirurgicales plutôt innovantes, reprises avec succès plusieurs siècles plus tard.
Il s'agit de la plus connue, mais certainement de la plus décevante de ses œuvres. Il semble qu'en réalité cette première œuvre ne soit essentiellement rédigée comme un témoignage de reconnaissance à son maître Ambroise Paré, en lui dédicaçant un travail qui lui fut propre. Le contenu est fort décevant : vaste compilation, sans originalité, sans aucun apport nouveau, de toutes les maladies, jusqu'alors connues, de l'œil et de ses annexes. Quant à la thérapie proposée, elle témoigne également d'un redoutable archaïsme. Mais ce traité a, au moins, le mérite de nous rappeler, dans une langue élégante, le niveau des connaissances en matière d'ophtalmologie à cette époque.
Les Tables anatomiques sont constituées de deux parties d'inégale importance et d'inégal intérêt :
Ce bref essai sur la condition des chirurgiens est une réflexion sur cette profession, sans animosité ni amertume. Ces quelques pages sont, assurément, un des textes les plus attachants qu'un médecin ait rédigé sur les difficultés et la grandeur de leur métier. Ce petit ouvrage traduit la maturité, l'originalité et la personnalité de Jacques Guillemeau, qui s'épanouiront dans ses œuvres suivantes. C'est un ouvrage très rare, dont il ne reste qu'un exemplaire déposé à la bibliothèque Sainte Geneviève.
Œuvre majeure de Jacques Guillemeau, La Chirurgie française est l'ouvrage d'un chirurgien riche d'une vaste expérience professionnelle, travail strictement technique, débarrassé de l'à peu près et du passéisme qui altéraient les écrits de ses contemporains. Cette œuvre, qui n'aura d'égale qu'à la fin du XIXe siècle, fait de son auteur un homme résolument moderne, proposant des techniques chirurgicales qui sont encore, de nos jours, couramment utilisées.
Aussi étonnant que cela puisse paraître, compte tenu de la similitude des frontispices, cette œuvre de 1594 n'est pas la réédition de celle de 1593, mais une édition distincte très rare, dont il ne reste plus qu'un seul exemplaire, à la Bibliothèque Interuniversitaire de Médecine (BUIM).
Le texte de cet ouvrage reprend in extenso le texte de 1593, mais il est imprimé par Nicolas Gilles et doté du privilège royal.
Édition également dotée du privilège royal et divisée en sept chapitres. Il s'agit, selon toute vraisemblance, d'une réédition des ouvrages antérieurs victimes de leur succès.
Il s'agit d'un ouvrage semblable au précédent, mais plus riche d'un chapitre : « les tumeurs contre nature ». Cette édition semble, comme les deux précédentes, répondre seulement à la demande croissante d'un nombre de lecteurs que n'avaient pu satisfaire les tirages antérieurs.
Cet ouvrage peut être considéré comme à l'origine d'une science nouvelle : l'obstétrique. Jacques Guillemeau en fait une technique désacralisée, au seul service de la patiente et de l'enfant. En outre, rompant avec des siècles de tension entre le corps médical et les sages femmes. Jacques Guillemeau, au contraire, en fait d'indispensables collaboratrices, dont le rôle est de suivre le bon déroulement de la grossesse et de l'accouchement, le chirurgien n'intervenant alors que dans les accouchements compliqués. C'est une conception parfaitement contemporaine du rôle de l'un et de l'autre en obstétrique.
Cet ouvrage, également d'une étonnante modernité, traite de deux problèmes totalement inédits : la néonatalogie et la pédiatrie (sciences qui ne seront abordées par le corps médical qu'à la fin du XIXe siècle). Le fœtus n'est plus une chose inanimée et le nourrisson, un objet bruyant et insatiable, dont il convient de se débarrasser le plus rapidement possible en le confiant à une nourrice, mais des êtres humains, dotés d'une âme, et dont la fragilité légitime des attentions particulières, que ne renierait pas, de nos jours, un pédiatre.
Le dernier ouvrage de Jacques Guillemeau a la prétention de recenser toutes les connaissances médicales, chirurgicales et obstétricales du début du XVIIe siècle, y compris les problèmes éthiques inhérents à ces connaissances. La lecture de cette œuvre n'ajoute rien aux mérites de l'auteur.