La forme classique survient chez le jeune garçon lorsque l'activité enzymatique est inférieure à 1%. Les premiers signes commencent dans l'enfance ou l'adolescence par des crises douloureuses des extrémités (acroparesthésie, souvent très gênante), l'apparition de lésions vasculaires cutanées (angiokératomes se situant essentiellement sur le torse ou en péri-ombilical, avec des lésions spécifiques à l'examen microscopique d'une biopsie de peau), une baisse de la sécrétion de sueur (hypohidrose), des anomalies de la cornée (sans conséquence sur la vision), une cataracte et la présence de protéine dans les urines (protéinurie). Cette dernière est d'apparition plus tardive. Une insuffisance rénale s'installe avec un recours au rein artificiel entre 30 et 50 ans dans près de la moitié des cas.
Malgré un traitement bien conduit, la majorité des hommes auront des complications cardiovasculaires (essentiellement une hypertrophie ventriculaire gauche pouvant conduire à un tableau d'insuffisance cardiaque, dont le mécanisme n'est pas clair, la surcharge des cellules musculaires cardiaques en globotriaosylceramides étant modérée) ou cérébrales (accidents vasculaires cérébraux) responsables de la mortalité de cette pathologie. Cette atteinte cardiaque peut se traduire également par des troubles du rythme ventriculaire avec risque de mort subite.
Les femmes porteuses hétérozygotes auront une vie quasiment normale avec quelques manifestations au fur et à mesure de leur vieillissement. Rarement les complications seront aussi graves que dans la forme classique des hommes.
Les hommes avec une activité enzymatique supérieure à 1% ont des manifestations cardiaques ou rénales. Les manifestations cardiaques commencent vers la soixantaine et comprennent une hypertrophie ventriculaire gauche, une insuffisance mitrale et/ou une cardiomyopathie et une protéinurie. Il n'y a généralement pas d'insuffisance rénale.
Une surdité partielle est décrite dans un peu moins d'un cinquième des cas même si l'audiogramme est perturbé dans trois-quart des cas.
Les symptômes digestifs sont également fréquents, comportant nausées, douleurs abdominales, diarrhée...
Récemment une forme rénale avec insuffisance rénale mais sans lésion cutanée ou douleur vient d'être décrite.
L'administration d'Algasidase-alpha ou bêta (un équivalent de synthèse par génie génétique de l'enzyme manquante) ralentirait significativement l'évolution de la maladie. Cette molécule a été mise sur le marché à partir de 2001 en Europe et deux ans plus tard aux États-Unis. Elle n'est que partiellement efficace sur les douleurs. Elle diminue également sensiblement les symptômes abdominaux. Un traitement prolongé par l'algasidase provoque l'apparition d'anticorps contre cette enzyme, ce qui pourrait en diminuer l'efficacité.
Un traitement anti-douleur, pouvant aller jusqu'aux morphiniques, est parfois nécessaire.
L'utilisation d'un inhibiteur de l'enzyme de conversion ou d'un antagoniste des récepteurs de l'angiotensine II, en complément du traitement enzymatique, permet de diminuer la protéinurie. En cas d'insuffisance rénale sévère, une hémodialyse doit être mise en route. Une transplantation rénale est possible.
Des recommandations sur la prise en charge de la maladie de Fabry ont été publiées en 2006 par le collège américain de génétique.