Les mangroves sont des milieux menacés essentiellement par les constructions humaines cherchant à gagner sur la mer et les côtes. Ainsi, elles sont remplacées par des marais salants, des bassins d'aquaculture ou des routes. Elles sont aussi sensibles aux pollutions chimiques ou aux marées noires.
Mais la plus grande menace de la mangrove est l'élevage de crevettes qui s'implante massivement en bord de mer. En effet, depuis plusieurs années, la crevette est un produit de consommation courant dans les pays occidentaux et les pays tropicaux sont les lieux idéaux pour son élevage. Le littoral occupé par la mangrove est peu à peu remplacé par des bassins d'élevage qui sont le plus souvent abandonnés après quelques années d'élevage afin d'éviter l'apparition de maladies.
Cela a pour effet d'empêcher les habitants locaux de continuer à récolter de façon traditionnelle les produits de la mangrove. Certains bassins mal construits ont provoqué des infiltrations dans les nappes phréatiques provoquant sa salinisation et rendant son eau impropre à la consommation.
Les vases de mangroves sont naturellement acides (fréquemment pH de 3 à 4 en Guyane par exemple, soit l'acidité du vinaigre). Ce pH bas facilite la solubilisation, la mobilité et la biodisponibilité de métaux lourds et aggrave la toxicité du mercure massivement apporté et perdu par les chercheurs d'or dans de nombreuses forêts tropicales, mais aussi d'autres polluants comme le plomb de l'essence.
De plus, la mangrove joue un rôle important dans la fixation du carbone. Jin Eong Ong, a montré que cet écosystème est celui qui en capte le plus de carbone, environ 110 kg net par hectare et par jour en Malaisie. Il a prouvé que sa destruction aurait des coûts cachés importants, notamment via un impact sur le dérèglement climatique lié à la quantité de carbone relâchée dans l'atmosphère.
Partout dans le monde, des appels à protection des mangroves ont émergé depuis les années 1970, notamment de la part du commandant Cousteau, du WWF ou de Greenpeace puis de nombreux écologues.
En France (pays responsable outre-mer d'un linéaire important de mangroves, dont en Guyane, le Grenelle de la mer, en juin 2009, dans sa proposition no 48 intitulée « Mettons en place un programme national pour protéger et valoriser la biodiversité de l’Outre Mer » a inclus une sous-proposition qui est d'« établir un plan concerté de gestion des mangroves : déterminer celles qui doivent être protégées (sur la base de travaux du Conservatoire du littoral) »., formulation qui laisse un doute sur le fait qu'on ne veuille protéger que les mangroves menacées, ou considérer que certaines pourraient être sacrifiées au développement touristique ou à l'aquaculture.
Il existe des équivalents de la mangrove dans les latitudes plus éloignées: ce sont les herbus, on peut en observer sur la baie du Mont Saint-Michel ainsi que sur la côte de Picardie.
Le muséum-aquarium de Nancy vient d'inaugurer un aquaterrarium présentant l'écosystème complexe des mangroves.