Plusieurs solutions semblent possibles pour résoudre ce problème dont deux semblent incontournables ;
En France, où le CEVA est chargé de cartographier les pullulations, les outils de l'Etat sont essentiellement des programmes d'action imposés par la directive n° 91/676/CEE du 12 décembre 1991, visant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles, des mesures agri-environnementales (MAE) et un renforcement des contrôles des exploitations agricoles. En 2010, le gouvernement a publié un Plan d'action concernant 23 bassins versants associés aux huit baies les plus touchées par les « marées vertes ». Ce plan porte sur 2010-2014, avec un coût annoncé de 134 millions € ; Ce plan vise à
Un consortium scientifique a été créé (associant IFREMER, l'INRA, le CEMAGEF, le CNRS et le BRGM), et un appel à projet a été lancé pour aider à réduire les flux d'azote de 30 à 40 % en 5 ans (de 2010 à 2015), avec les bassins se déversant en Baie de Lannion et de Saint-Brieux en première priorité, avant extension à 6 autres baies; 3.500 exploitations agricoles seront concernés, sur 120 000 ha.
En Bretagne, depuis 2006, un programme nommé Prolittoral vise à coordonner les actions de la Région Bretagne à celle des 4 Départements bretons et de l'Agence de l'Eau Loire-Bretagne pour mieux lutter contre les marées vertes dans la région, avec l'aide du Ceva. Il inclut un volet nettoyage (50 000 à 70 000 m3 nettoyés annuellement pour un coût de près de 500 000 € par an). En aout 2009, le gouvernement s'est engagé à financer le nettoyage des plages, à créer une commission interministérielle ayant 3 mois pour produire un plan de lutte contre la prolifération d'algues vertes et proposer des solutions de collecte, et de protection de la population. Un ramassage en mer sera testé en fin d'hiver 2009. En 2009, le département des Côtes-d'Armor regrettait que l'État fonde encore son approche en Bretagne sur l'échelle cantonale, alors que l'approche par bassin versant s'impose.