Selon les publications et les époques, ce mouflon a reçu de nombreux noms. La Newsletter of the IUCN/SSC Caprinae Specialist Groupa remarque avec ironie en octobre 2004 que « très peu de taxons de grands vertébrés ont bénéficié d'une variété de noms scientifiques aussi grande que celle donnée au mouflon européen (Ovis aries par exemple, O. ammon, O. musimon, O. orientalis, O. gmelini, et même Aegoceros musimon ».
Le Taxonomy Working Group rappel dans sa synthèse de la conférence Workshop on Caprinae taxonomy de l'IUCN, tenue à Ankara en mai 2000, que le plan d'action de l'IUCN sur les Caprinae de 1997 proposait de définir une seule espèce Ovis orientalis, pour tous les mouflons et urial.
Lors de la conférence de 2000, la plupart des délégués ont indiqué leur désaccord avec cette taxonomie, en partie en raison des différences dans le nombre de chromosomes : 54 pour les mouflons, 58 pour les urials (Ovis vignei) ».
Le groupe propose de retenir les taxons suivants :
- Ovis gmelini, le mouflon au sens strict (54 chromosomes), avec les sous-espèces suivantes :
- O. g. gmelini, le mouflon arménien
- O. g. isphahanica, le mouflon d'Ispahan (Iran)
- O. g. laristanica, le mouflon du Lorestan (Iran)
- O. g. musimon, le mouflon d'Europe (en fait regroupant le mouflon de Sardaigne et le mouflon corse avec des introductions récentes dans les Alpes, aux Kerguelen…). Le groupe note que musimon descend sans doute de moutons domestiques primitifs et ne devrait peut-être pas être reconnu comme un taxon à part entière.
- O. g. ophion, le mouflon de Chypre, qui descend également sans doute de moutons domestiques primitifs et ne devrait peut-être pas être reconnu comme un taxon à part entière.
En 2002, un travail de recherche génétique montrait que les moutons domestiques descendaient de deux sous-espèces distinctes du mouflon occidental (appelé dans ce travail Ovis musimon).