Ce palais, avec son décor de stucs peints, est le reflet de la splendeur atteinte par le royaume-taifa de Saragosse.
Les aménagements et agrandissements continus, du XIIe siècle au XIVe siècle, furent le principal foyer de rayonnement et d'inspiration de l'art mudéjar aragonais.
De structure quadrangulaire, l'enceinte est composée de grosses tours semi-circulaires, à l'exception de l'une d'entre elles, rectangulaire, nommée « tour du Troubadour » (Torreón del Trovador).
L'édifice a subi plusieurs agrandissements à la fin XVe siècle, sous la direction de l'architecte mudejar Faraig de Gali. Sous le règne de Philippe II d'Espagne, le palais fut transformé en fort militaire moderne par le siennois Tiburcio Spanochi.
Après la prise de Saragosse par Alphonse Ier d'Aragon dit le Batailleur en 1118, la Aljafería fut habilitée comme palais pour les rois d'Aragon et aussi comme église chrétienne. Cette structure n'évolua pas substantiellement jusqu'au XIVe siècle avec l'action de Pierre IV d'Aragon, le Cérémonieux.
Ce roi fit agrandir les dépendances royales en 1336 et ordonna l'édification de l'église de Saint-Martin dans le patio d'accès à l'alcazar. La Aljafería était utilisée à cette époque comme point de départ du chemin menant à la cathédrale du Sauveur de Saragosse, où les rois aragonais se faisaient solennellement couronner et prêtaient serment aux fors.
L'église de Saint-Martin se construit à partir des pans de murs fortifiés de l'angle nord-est des murailles. Une des tours est même utilisée comme sacristie.
De facture gothico-mudéjare, ce bâtiment se compose de deux nefs, chacune comportant trois tronçons, orientées à l'origine vers l'est. Elles s'appuient sur deux piliers formés de semi-colonnes adossées à mi-hauteur du pilier. Cet agencement est rappelé par les structures de quatre petits arcs contigus qui hébergent le blason des rois d'Aragon sur les pendentifs du portail, érigé dans la première décénnie du XVe siècle.
Les voûtes de ces nefs, formées d'intersections des arcs diagonaux simples, s'appuient sur des arcs-diaphragmes et des arcs formerets : les arcs diagonaux sont ainsi en plein cintre. Sur les versants des voûtes apparaissent des fleurons comportant les blasons de la monarchie aragonaise. La décoration ne conserve que des fragments des peintures originales ainsi que des arcs recti-curvilignes égalisés, inspirés directement du palais musulman.
Le portail mudéjar de briques, construit sous Martin Ier d'Aragon s'ouvre sur la nef sud dans son dernier tronçon.
Ce portail se compose d'un arc en anse de panier surbaissé abrité par un arc pointu aux dimensions plus imposantes. Les deux arcs marquent un double alfiz représentant des motifs formant des ovales.
Les deux médaillons formés par une série de quatre petits arcs abritent le blason du royaume d'Aragon. Sur le tympan, une série d'arcs recti-curvilignes aveugles entrecroisés rappellent les séries d'arcs du palais des rois Bani Hud. Un relief a récemment été incorporé à cette frange.
L'église fut complètement remodelée au XVIIIe siècle : une nef fut érigée, la précédant et recouvrant ainsi le portail mudéjar. Les piliers et murs furent rénovés et crépis selon le style néoclassique. Ces réformes furent éliminées durant les restaurations menées par Francisco Íñiguez. Cependant, grâce aux documents photographiques existants, on peut apprécier une tour qui aujourd'hui apparaît avec un couronnement crénelé s'inspirant de l'église mudéjare, et qui, au XVIIIe siècle, culminait par un chapiteau en forme de bulbe.
Il ne s'agit pas d'un palais indépendant, mais bien de l'ampliation du palais musulman qui était toujours utilisé. Pierre IV d'Aragon voulait le doter de salles plus amples, les salons et chambres, car les pièces taifa étaient trop petites pour l'usage du Cérémonieux.
Ces nouvelles salles se trouvent dans le secteur nord du palais andalou, à différents étages. Cette nouvelle facture mudéjare resta extraordinairement respectueuse de la construction déjà existante. La structure s'intègre parfaitement par ses trois salons de base rectangulaire culminant par des plafonds en bois, peints avec des motifs géométriques et naturels de couleurs vives.
Les arcades ressemblent à celles du patio de Sainte-Isabelle, l'intrados est en arcs lobulés. On trouve aussi une petite chambre de base carrée, couverte par une coupole octogonale en bois et une petite porte d'entrée formée par un arc pointu comprenant un intrados lobulé, circonscrite en un fin alfiz, dont l'écoinçon est décoré d'atauriques. Cette porte conduit à une triple loge de petits arcs en plein cintre. Cette pièce se situe au-dessus de la mosquée.