La philosophie de la biologie est la branche de la philosophie des sciences qui s'intéresse aux fondements et aux enjeux conceptuels, théoriques et méthodologiques de la biologie. (La tradition de recherche française tend à employer la formule "épistémologie des sciences du vivant".)
La philosophie de la biologie porte généralement sur des sous-domaines de la biologie: génétique, théorie de l'évolution, biologie du développement, écologie, immunologie, exobiologie, etc. Sa démarche consiste à interroger les concepts et les paradigmes scientifiques contemporains pour y mener une tâche de clarification conceptuelle qui peut déboucher sur la remise en cause de certains concepts biologiques (on peut songer par exemple aux concepts d'information génétique, de récapitulation de la phylogenèse par l'ontogenèse ...)
Les philosophes de la biologie peuvent aussi travailler à construire des ponts ou à mettre en lumière les tensions qui existent entre différentes spécialités de la biologie (entre la biologie du développement et la biologie évolutionniste par exemple.)
Ces philosophes entendent travailler main dans la main avec les scientifiques, et s'efforcent d'être parfaitement informés des développements récents de la biologie auxquels ils entendent contribuer.
Le vivant se caractérise par sa sensibilité, par le fait d'avoir un métabolisme (il puise de l'énergie dans le milieu extérieur, utilise cette énergie et rejette les déchets). Mais surtout le vivant maintient, préserve et même enrichit son ordre, son organisation. A l'échelle des espèces, le vivant ne cesse de se complexifier depuis 3.5 milliards d'années.
Le problème pour le vivant est alors de se demander si, en raison de ses particularités, la vie est quelque chose de fondamentalement différent de la matière ou non. Il y a deux positions fondamentales à ce sujet :
Les vitalistes accusent les mécanistes d'être réductionnistes et réciproquement les matérialistes accusent les vitalistes d'être plus ou moins mystiques et obscurantistes.
L'examen critique du concept de gène, pour mettre en évidence ses différentes significations, sinon sa définitive caducité a été un chantier important de la discipline. Cette critique prend place dans le cadre général de l'ébranlement actuel du paradigme génétique, où résultats scientifiques aussi bien que réflexions philosophiques tendent à remettre très fortement en question le génocentrisme et le déterminisme génétique qui a largement imprégné la démarche scientifique pendant une grande partie du XXe siècle.
Une des victoires notables des philosophes de la biologie (notamment S. Oyama et P. Griffiths dans leur controverse avec John Maynard Smith), est d'avoir réussi à persuader les scientifiques que si l'on tient à parler d'information en biologie (ce qui, pour certains auteurs, est fort peu recommandé), alors il n'y a aucune raison de cantonner cette notion au discours sur l'ADN, mais qu'elle doit être employée à propos de tous les facteurs développementaux, en application rigoureuse de la théorie de l'information.