De 2005 à 2008, les pôles ont représenté un financement de l'État de plus de 1,5 milliard d'euros pour 1400 projets de R&D collaboratifs. La reconduction des pôles, annoncée en juin 2008, s'accompagne d'un nouveau financement de 1,5 milliard d'euros jusqu'en 2012. D'ores et déjà, 17 pôles demandent une rallonge budgétaire de plus de 900 millions d'euros. Par comparaison, durant la même période, Oséo a investi un budget d'État de plus de 500 millions d'euros pour 8 000 projets de R&d (collaboratifs en partie, et non collaboratifs en majorité), dans toutes les régions, avec le soutien des conseils régionaux pour plus de 80 millions d'euros.
Le Président de la République a annoncé devant le Congrès de Versailles, le 22 juin 2009, que l'État devrait faire appel à un grand emprunt national pour financer de nouveaux programmes d'investissement dans des secteurs d'avenir, principalement dans l'écologie et le numérique. Le Premier ministre précise que l'emprunt permettra de financer prioritairement les projets de R&D des pôles de compétitivité (entre autres), tout en indiquant que le saupoudrage sera évité et que l'argent sera investi sur les projets d'innovation les plus ambitieux. Plusieurs voix s'élèvent déjà sur le bien fondé de cet emprunt.
Christian Estrosi, maire de Nice, a été nommé, le 23 juin 2009, ministre auprès de la ministre de l’Économie, de l’Industrie et de l’Emploi, chargé de l’Industrie, dans le gouvernement Fillon II. Il est, entre autres, directement en charge de la gestion financière de ces pôles, qu'il a contribué à mettre en place en 2005. Le financement des pôles provient du FUI (Fonds Unique Interministériel). La gestion du FUI est confiée à Oséo, uniquement depuis novembre 2009 et déjà le 9e appel à projets. Auparavant cette gestion était le fait unique de la DGCIS à Bercy, avec des délais de paiement considérés comme trop longs. En l'occurrence, Oséo récupère un lourd tribut, la sélection des projets étant toujours pilotée par Bercy et les élus locaux.