La JAXA collabore avec l'agence spatiale européenne sur la mission scientifique BepiColombo à destination de Mercure.
La JAXA est un participant important de la station spatiale internationale : elle fournit le module JEM Kibo, qui est le plus gros composant pressurisé de la station Les astronautes japonais participent aux vols de navette spatiale américaine et missions Soyouz en direction de la station spatiale internationale
Le programme Information Gathering Satellite (情報収集衛星, c'est-à-dire satellite de renseignement) a été lancé suite du lancement d'un missile balistique nord-coréen au-dessus du Japon en 1998. Il est sous le contrôle direct du cabinet du premier ministre du Japon.
Le 28 mai 2003, les deux premiers satellites-espion ont été lancés. Début 2010, sur les 8 satellites de ce programme, 4 sont en service, 2 détruits au lancement et 2 hors-service.