Le rhinocéros de Java vit solitaire et est actif la nuit. C'est seulement au moment de l'accouplement que mâles et femelles se retrouvent pour peu de temps. Après une gestation de seize mois, un seul petit vient au monde, sa mère l'allaite à peu près pendant un an et il reste encore deux ans avec elle.
La nourriture d'un rhinocéros de Java se compose principalement de feuilles, de fruits, de branchages et de pousses.