Le colonel Sheppard absorbe le médicament anti-wraith du Dr Beckett, et sa réaction est inattendue. Il subit une transformation physique perturbante. Ces effets peuvent-ils être inversés avant qu'il ne soit trop tard?
Sur le monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith qui a été élevée comme une humaine. Le Dr Beckett travaille à un rétrovirus destiné à la débarrasser de son ADN Wraith. Mais que lui arrivera-t-elle si elle se sert du rétrovirus avant qu'il ne soit terminé ?
L'équipe du Colonel Sheppard est capturée par un groupe dont le chef est le Lieutenant Aiden Ford. Ce dernier veut prouver à l'expédition qu'il n'est pas fou et que l'enzyme peut être un atout dans la lutte.
L'équipe découvre un vaisseau de guerre des Anciens échoué à la limite de la galaxie, dont l'équipage est toujours en vie, dans des modules des stase. Sheppard pénètre dans le monde virtuel pour empêcher une invasion wraith .
Sur la planète alien, Sheppard traverse une porte menant à une caverne, et il se retrouve prisonnier d'un monde ou le temps passe plus rapidement. L'équipe doit le récupérer avant qu'il ne meure de vieillesse.
Sheppard et son équipe sont fait prisonniers et emmenés à bord d'un vaisseau Wraith, où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut des informations sur la façon dont il a infiltré le vaisseau. McKay trouvera-t-il un moyen de les tirer de là ?
McKay est prisonnier d'un jumper englouti. L'équipe d'Atlantis n'arrive pas à localiser le vaisseau, et il lui reste seulement trois heures d'oxygène. La Samantha Carter chimérique de McKay pourra-t-elle sauver la situation ?
Remarque: Dans l'épisode 3 de la saison 10 (Chassé-Croisé) de Stargate SG1, McKay remercie le Colonel Carter de l'avoir aidé (même si il sait que ce n'était pas vraiment elle).