La truite fario peut se reproduire à partir de deux ou trois ans. Elle se reproduit de novembre à janvier dans une eau entre 5 et 12°C. Dès que les truites ont rejoint leur zone de frayère, les femelles pondent 1 500 à 4 000 œufs par kilo de leur poids. Le mâle dépose sa semence et la femelle recouvre les œufs de gravier pour les protéger. Les truites quittent alors rapidement la frayère.
La durée d'incubation peut varier en fonction de la température; elle est environ de 400 degrés jours. À la naissance, l'alevin reste sous les graviers pour se protéger. Il se nourrit de ses réserves vitellines pendant 4 à 6 semaines, puis sort des graviers et tente se nourrir seul. Ses chances de survie sont assez faibles puisque environ 800 ovocytes donneront un couple géniteur. Les raisons sont le cannibalisme que les truites pratiquent quand elles n'ont pas suffisamment de nourriture, en mangeant les oeufs et les alevins, mais aussi le manque de nourriture des alevins une fois éclos. Leur population est donc en régression.