La signalisation de manœuvre est implantée au niveau des aiguillages. On peut donc la trouver :
Les signaux de manœuvre sont repérés à l'aide d'une lettre, qui peut être suivie d'un indice, et de deux ou trois feux de forme rectangulaire disposés horizontalement :
Les signaux de manœuvre sont commandés par les postes de manœuvre locaux (PML), qui gèrent les positions de garage. En ligne, où ils font également office de signaux d'espacement, ils sont commandés par la circulation des trains. Dans cette situation, ils sont systématiquement précédés d'un signal répétiteur présentant deux ou trois indications : un feu vert pour un signal de manœuvre vert, un jaune pour un signal de manœuvre rouge, et deux jaunes pour un signal de manœuvre jaune.
Mais dans le cas où le signal répétiteur fait également office de signal d'espacement, il peut alors présenter trois ou quatre indications : vert, rouge, jaune, ou deux jaunes si le signal concerné précède un signal de manœuvre présentant trois feux.
Chaque ligne est découpée en tronçons, appelés cantons, relativement courts protégés par des feux qui, en conduite normale, ne doivent pas être franchis lorsqu’ils sont au rouge. Un signal de répétition est utilisé dans le cas où la visibilité ne permettrait pas au conducteur de réagir à temps (à l’orange si le feu suivant est au rouge). Dans le cas normal, il existe toujours au moins deux feux rouges entre deux rames qui se suivent (c’est-à-dire qu’il y a toujours un canton libre entre deux rames). Toutefois, pour accroître le débit de la ligne, une rame est autorisée à entrer en station par un feu jaune E, dès que la rame précédente a libéré quelques dizaines de mètres en aval du quai et non pas tout le canton suivant ; ce passage à l’orange est assorti d’une limitation de vitesse indiquée sur un panneau lumineux à côté du signal.
Il existe également des signaux de sortie de station, et des signaux intermédiaires repérés par un I avec un indice, en fonction de leur nombre. Les signaux d'espacement sont de forme circulaire et disposés verticalement, avec un feu vert indiquant la voie libre, jaune pour l'avertissement et rouge pour l'arrêt.
Sur les lignes automatiques, comme la ligne 14, le cantonnement conçu pour le SAET superpose à un découpage classique en cantons fixes, protégés par une signalisation latérale, un second découpage en cantons dits « virtuels », utilisés par les trains automatiques. La signalisation visible est donc spécifique et minimaliste puisqu'elle n’est pas utilisée en fonctionnement normal. Ce découpage en cantons virtuels permet de descendre à un espacement de 85 secondes entre les trains. Les trains automatiques ne tiennent pas compte de la signalisation latérale.
Pour les trains non automatiques, l'ensemble des cantons virtuels du canton classique où se trouve le train sont occupés. Pour les trains équipés du SAET, seul le canton virtuel est occupé, le reste du canton fixe est considéré comme libre.
Les seuls signaux qui subsistent sont donc les signaux d'espacement du cantonnement classique destinés aux trains à conduite manuelle. Ces signaux sont relativement éloignés, les optimisations avec des cantons courts et des signaux de répétition étant inutiles en fonctionnement automatique intégral où les cantons fixes de la ligne ne sont pas utilisés. Le principe d'utilisation des cantons fixes est similaire à celui en vigueur sur les lignes non automatiques du métro.
Ces signaux d'espacement sont composés de deux types de feux, les feux verts autorisant le train à conduite manuelle sur le prochain canton, et les feux violets équivalant à un signal d'arrêt sur les lignes à conduite manuelle. La couleur violette a été préférée à la couleur rouge sur cette ligne automatique afin d'éviter de créer une angoisse chez les passagers qui peuvent être amenés, lorsqu'ils sont positionnés à l'avant du train, à voir le train se diriger à vive allure vers un signal fermé. Un feu violet, s'il est allumé, ne pourra être franchi en mode manuel sans autorisation du poste de commande centralisé (PCC).