La décision des marianistes de fermer la Villa fut prise en décembre 1969, selon Jerry Gregg, un professeur de l’école à cette époque. Quelques mois plus tard, au printemps 1970, quatre des 6 Marianistes de l’école quittèrent l’ordre (Cy Boschert, Werner Dobner, Fred Fuchs et Jerry Gregg). Les deux autres, le frère Patrick Moran (15) et le père James Mueller rentrèrent aux Etats Unis.
Le travail de rassembler la communauté de la Villa Saint Jean, lancé au début par Steve Macintyre (année 1968) et Kevin Di Palma, n’a pas commencé avant 1995, soit un quart de siècle après la fermeture de l’école. Kevin Di Palma, qui enseigne maintenant en Chine, est l’auteur du premier site internet de l’école qui n’existe plus aujourd’hui. Un orchestre d’étudiants, « the Sufferin’Kind » maintient un autre site : (http://www.robots/org/CLIFF/VSJ//VSJMusicCircle.htm#History). Plusieurs réunions de classe ont eu lieu en Suisse et aux Etats-Unis ces dernières années.
D’amples extraits des souvenirs des dernières années de la Villa sont conservés sur le Web, avec des photos fournies par les élèves des décennies précédentes. Les élèves, qui formaient un ensemble hétéroclite de nationalités et de personnalités, logeaient dans les pavillons dortoirs des Ormes, de la Sapinière et de Bossuet et les salles de classe se trouvaient dans le bâtiment Gallia. En hiver, ils faisaient du ski à Château-d'Œx ou à Gstaad et participaient aux compétitions sportives interscolaires.
Sur le plan historique, la Villa a été une des dernières écoles avec internat réservées aux garçons. Ce contraste avec la culture des États-Unis de la fin des années 1960 a paru incompatible à de nombreux élèves, dont beaucoup ont perdu tout contact avec leurs camarades au cours des années suivantes.
L’ambition des Marianistes pour l’Ecole et ses élèves était de former des « hommes complets ». Ils ont senti venir la révolte qui allait saisir les universités et les collèges en Europe et en Amérique du Nord et les grèves étudiantes qui allaient mettre en panne de nombreux campus aux Etats Unis en 1968. Au printemps 1969, les classes traditionnelles s’arrêtèrent brièvement alors que les étudiants et les universités remettaient en question la pertinence de la culture scolaire dans le cadre des changements définitifs de la culture occidentale.