Un sous-répertoire est en fait un répertoire. On utilise le terme sous-répertoire pour insister sur l'aspect relatif.
Par exemple, sur un système Windows, on ne dira jamais " le sous-répertoire c:\windows\system32 " car c'est un chemin absolu (voir Répertoire), mais on dira plutôt " le sous-répertoire system32 " relativement au répertoire c:\windows.
Le terme répertoire est par contre utilisable dans toutes les situations. On peut très bien dire " le répertoire system32 se trouvant dans c:\windows ".
Notez que l'usage des termes " dossier " et " sous-dossier " est respectivement équivalent à celui de " répertoire " et " sous-répertoire " à une subtilité près : voir Répertoire.