Liste des abbés de Cîteaux
| N° | Début de l'abbatiat | Fin de l'abbatiat | Nom de l'abbé |
| 1 | 21 mars 1098 | 6 juillet 1099 | saint Robert de Molesmes |
| 2 | Juillet 1099 | 26 janvier 1108 | saint Albéric |
| 3 | 1108 | Septembre 1133 | saint Étienne Harding |
| 4 | 1133 | Début 1134 | Guy de Trois-Fontaines |
| 5 | 1134 | 16 décembre 1150 | Raynaud de Bar |
| 6 | Début 1151 | 31 mars 1155 | Goswin de Bonnevaux |
| 7 | Avril 1155 | Septembre 1161 | Lambert de Morimond |
| 8 | Septembre 1161 | 21 avril 1163 | Bhx Fastrède de Cambron |
| 9 | Mai 1163 | 17 octobre 1168 | saint Gilbert le Grand |
| 10 | Novembre 1168 | 28 juillet 1178 | Alexandre de Cologne |
| 11 | Décembre 1178 | 27 novembre 1180 | Guillaume de Toulouse |
| 12 | Début 1181 | mars/avril 1184 | Pierre de Pontigny |
| 13 | Septembre 1184 | 1er janvier 1186 | Bernard de Fontaines |
| 14 | Début 1186 | août 1189 | Guillaume II de la Prée |
| 15 | Août 1189 | 11 janvier 1190 | Thibaut, abbé de Cîteaux |
| 16 | Janvier 1190 | 3 janvier 1194 | Guillaume III, abbé de Cîteaux |
| 17 | Janvier 1194 | mars/avril 1194 | Pierre II, abbé de Cîteaux |
| 18 | Avril/mai 1194 | 1200 | Guy II de Paray |
| 19 | Septembre 1200 | 12 mars 1212 | Arnaud Amaury |
| 20 | mars/avril 1212 | mars/avril 1217 | Arnaud II |
| 21 | 3 avril 1217 | 8 janvier 1218 | saint Conrad d'Urach, ancien abbé de Clairvaux |
| 22 | Début 1219 | 1236 | Gauthier d'Orchies |
| 23 | 11 novembre 1236 | 1238 | Jean de Boxley |
| 24 | 1238 | 1243 | Guillaume IV de Montaigu |
| 25 | Juillet 1243 | 1257 | Boniface, abbé de Cîteaux |
| 26 | 1257 1258 | Mai 1262 | Guy III de Bourgogne |
| 27 | Mai/juin 1262 | 1266 | Jacques de Cîteaux |
| 28 | 1266 | 9 octobre 1284 | Jean II de Ballon |
| 29 | Octobre 1284 | 2 janvier 1294 | Thibaut II de Saucy |
| 30 | Janvier 1294 | 30 novembre 1299 | Robert II de Pontigny |
| 31 | 9 octobre 1294 | 30 novembre 1299 | Rufin de la Ferté |
| 32 | Fin 1299 | 1303 | Jean III de Pontissier de Pontoise |
| 33 | Milieu 1303 | 28 juillet 1315 | Henri, abbé de Cîteaux |
| 34 | Août 1315 | 6 janvier 1317 | Conrad II de Metz |
| 35 | Janvier 1317 | 13 février 1337 | Guillaume V, abbé de Cîteaux |
| 36 | 19 février 1337 | 8 juin 1359 | Jean IV de Chaudenay |
| 37 | 9 juillet 1359 | 23 mars 1363 | Jean V le Gentil de Rougemont |
| 38 | Fin mars 1363 | 20 décembre 1375 | Jean VI de Bussières |
| 39 | Début 1376 | 9 juillet 1389 | Gérard de Bussières |
| 40 | Août 1389 | 18 avril 1405 | Jacques II de Flogny |
| 41 | 1405 | 21 décembre 1428 | Jean VII de Martigny |
| 42 | 1429 | 30 avril 1440 | Jean VIII Picart d'Aulnay |
| 43 | 1440 | 25 novembre 1458 | Jean IX Vion de Gevrey |
| 44 | Fin 1458 | 22 juillet 1462 | Guy IV d'Autun |
| 45 | 1462 | 24 mars 1476 | Humbert-Martin de Losne |
| 46 | Fin avril 1476 | 20 novembre 1501 | Jean X de Cirey |
| 47 | 1501 | 25 octobre 1516 | Jacques III Theuley de Pontailler-sur-Saône |
| 48 | 1516 | 10 septembre 1517 | Blaise Légier de Ponthémery |
| 49 | 16 septembre 1517 | 25 avril 1521 | Guillaume V du Boissey |
| 50 | 29 avril 1521 | 26 mars 1540 | Guillaume VI Le Fauconnier |
| 51 | 30 mars 1540 | 26 décembre 1559 | Jean XI Loysier |
| 52 | 6 janvier 1560 | 19 juin 1564 | Louis I de Baissey |
| 53 | 1/2 juillet 1564 | 23 octobre 1571 | Jérôme de la Souchère. Né en 1508 en Auvergne, refusa le cardinalat en 1567, accepta la nomination par le pape Pie V le 24 mars 1568. Mort à Rome le 10 novembre 1571. |
| 54 | 12 décembre 1571 | Décembre 1583 | Nicolas I Boucherat |
| 55 | Juin 1584 | 21 août 1604 | Edmond de la Croix |
| 56 | Octobre 1604 | Début mai 1625 | Nicolas II Boucherat |
| 57 | 3 juin 1625 | 30 novembre 1635 | Pierre III Nivelle |
| 58 | 19 novembre 1635 | 4 décembre 1642 | Armand Jean du Plessis, cardinal de Richelieu |
| 59 | 2 janvier 1643 | 1er février 1670 | Claude Vaussin |
| 60 | 29 mars 1670 | 6 mai 1670 | Louis II Loppin |
| 61 | 20 juillet 1670 | 15 janvier 1692 | Jean XII Petit |
| 62 | 27 mars 1692 | 4 mars 1712 | Nicolas III Larcher |
| 63 | 20 mai 1712 | 31 janvier 1727 | Edmond II Perrot |
| 64 | 21 avril 1727 | 14 septembre 1748 | Andoche Pernot des Crots |
| 65 | 27 novembre 1748 | 25 avril 1797 | François Trouvé |