Afin de retrouver dans toutes les fondations la même interprétation de la Règle bénédictine du VIe siècle — sans y introduire un sens différent — d'une part, et de promouvoir l’union des nombreuses abbayes cisterciennes d'autre part, Étienne Harding, en collaboration avec les quatre abbés des premières filles et ses moines, rédige le texte constitutionnel fondamental de l’Ordre de Cîteaux, la Carta Caritatis, la Charte de charité. Ce document établit un lien de charité et d'entraide entre chaque maison et inclut diverses mesures d'observance. Le pape clunisien Calixte II, de passage à Saulieu, approuve le 23 décembre 1119 ce texte présenté par Étienne Harding.
La « carta caritatis », plusieurs fois remaniée par la suite, prévoit que le pouvoir suprême n’appartient pas à l’abbé de Cîteaux, mais au Chapitre Général, qui se réunit chaque année autour de la fête de la Sainte Croix (le 14 septembre) à Cîteaux, ce qui se tiendra effectivement pendant plusieurs siècles. Placés sous la présidence de l’abbé de Cîteaux, les abbés y décident de la conduite des affaires de l’Ordre.
Elle n’empêchera cependant pas les querelles entre les membres de l’Ordre. Dès 1215, une première querelle nait entre les Premiers Pères et l’abbé de Cîteaux pour une question de préséance. La première manifestation de ces querelles intestines à l’Ordre est l’élection en 1262 de Jacques II abbé de Cîteaux ; elle se fait sans consulter les quatre Premiers Pères. Le pape Clément IV confirmera la validité de cette pratique, qui permettra aux moines de Cîteaux d’élire seuls leurs abbés.
Au sein même de Cîteaux, des discordes apparaissent et l’élection d’un nouvel abbé est souvent un moment de compétition qui n’améliore pas la situation.
Toute l’abbaye, hormis l’église, brule en 1297.
Les saccages se succèdent de siècle en siècle. En 1350 et 1360, sévissent les routiers, et cinq ans plus tard routiers ou Grandes Compagnies réapparaissent. Chaque fois les moines trouvent refuge à Dijon. Le rattachement du duché de Bourgogne à la couronne de France coûte, en 1476, une nouvelle dévastation de l’abbaye par les troupes du duc Maximilien, qui occupent Beaune.
Les guerres de religion font de l’abbaye la cible des colonnes de militaires : à la fois un objectif religieux, mais aussi une source de richesses.
En 1574, l’abbaye connait le pillage des huguenots avec, à leur tête, le prince Henri de Condé et le duc de Bavière Jean Casimir. Il en coute 3 000 écus de rançon à l’abbé pour éviter une ruine complète. En 1589, les soudards du duc de Charles de Mayenne, chef des ligueurs et gouverneur de Dijon, passent par Cîteaux et s’en prennent à l’abbaye. Ils sont suivis de près par ceux du comte de Tavannes, le chef du parti huguenot. Ils emportent les cloches de la basilique, pour être transformées en canons, ainsi que les chevaux, les juments, les bœufs, les moutons, les meubles, le linge, la vaisselle, le vin et autres denrées. En 1595 la guerre fait rage entre Henri IV et le duc de Mayenne. Un détachement du maréchal Biron, duc et pair, compagnon d’Henri IV, chargé de prendre aux ligueurs des places fortes de Bourgogne, dont celle de Beaune, passe par Cîteaux, qui est une nouvelle fois saccagée. La couverture de plomb qui recouvre la basilique est arrachée. L’abbaye possède alors un haras de juments comptant cent mères portantes. Après leur départ, il n’en reste plus que cinq ou six.
Pour relever les ruines, les moines vendent quelques-unes de leurs propriétés : Pommard, Ouges, etc. Par lettres patentes, Henri IV reconnait à 200 000 livres le montant des dégâts subits par l’abbaye de 1590 à 1595.
Un demi-siècle plus tard, en 1636, les troupes de Gallas font une intrusion dévastatrice dans une Bourgogne laissée sans défense par le départ des troupes de Condé, après le siège manqué de Dole. L’abbaye est pillée, et les archives détruites en partie. Richelieu pourtant « cardinal-protecteur de l’Ordre » ne fait rien pour relever la maison-mère de ses ruines.
L’abbé dom Vaussin fait lever des contributions sur les autres monastères de l’ordre pour restaurer le monastère fondateur.