Toutes les destinations ne sont pas effectuées en même temps. Elles varient selon la saison, comme par exemple l'hiver ce sont les caraibes et l'Amérique Central qui sont en majorité exploités, même si il y en a d'autres qui sont en Europe, telles que Paris et Londres qui sont desservies toute l'année, et en été, c'est surtout l'Europe qui est effectué. Les destinations varient aussi selon la ville de Départ.
À la suite d'une fuite sur l'un des moteurs, le vol Air Transat 236, un Airbus A330 assurant la liaison entre Toronto et Lisbonne le 24 août 2001 dut se dérouter d'urgence sur les Açores, plus précisément sur la Base aérienne de Lajes (Portugal). Se trouvant à court de carburant, le commandant Robert Piché effectua les 20 dernières minutes de vol et l'atterrissage en vol plané (le temps le plus long fait avec un avion de ligne) et sauva ainsi la vie de ses 291 passagers et des 13 membres d'équipage.
Cet incident et la vie du Commandant Robert Piché font présentement objet du tournage de la production cinématographique Piché: entre ciel et terre. Il s’agit d’une production canadienne dont le buget s’élève à 7 millions de dollars.
Transat et CanJet ont signé un partenariat de cinq ans pour l’affrètement de petits porteurs.
Air Transat a des accords de partage de codes avec les compagnies aériennes suivantes:
Pour les vols entre le Canada et le Royaume-Uni et/ou entre le Canada et les États-Unis, Air Transat possède des accords de partage de code avec Thomas Cook Airlines et CanJet. Seuls les vols de la série TS 800 à 999 seront exploités par un transporteur autre qu’Air Transat (Thomas Cook Airlines ou CanJet). Tous les vols TS des autres séries seront exploités par Air Transat.