Utilisé contre Trypanosoma congolense et Trypanosoma vivax, agents de la maladie du sommeil infectant principalement le bétail. Le chlorure d'éthidium étant plus soluble que le bromure (200 g·l-1 contre 50 g·l-1) ce sel est préféré car il permet la préparation de solutions plus concentrées et donc de délivrer les mêmes doses avec des volumes réduits.
Le bromure d'éthidium est un produit dangereux, qui doit être manipulé avec précautions. Les résidus doivent être éliminés comme un déchet dangereux. Le bromure d'éthidium ayant la faculté de se lier à l'ADN, il possède un effet mutagène important, et pourrait être également cancérigène et tératogène. À l'heure actuelle, aucune étude n'a cependant démontré un effet cancérigène.
En France, l'INRS propose l’iodure de propidium comme produit de remplacement.
Voir aussi : section "colonne de filtration" de l'article colonne de biologie moléculaire.
Les indications présentes sur les étiquettes recommandent pour la manipulation du BET de porter des gants en vinyle. En effet, le latex est poreux au BET qui le traverse en moins de 5 minutes.