De par son aspect fortement envahissant, la Caulerpa taxifolia risque d'éliminer les autres espèces de la flore marine. Elle menace en particulier les herbiers de posidonie (Posidonia oceanica), principal ecosystème présent en Méditerranée. La disparition de la flore entraîne également le déplacement de la faune vers des zones non contaminées.
La Caulerpa taxifolia, notamment à cause de la présence de plusieurs terpènes destinés à la protéger des herbivores, est considérée comme très toxique. Pour l'instant, la transmission de ces terpènes le long de la chaîne alimentaire n'a pas été prouvée. Cependant, des pêcheurs d'Amérique centrale, où la Caulerpa taxifolia est présente naturellement, refuseraient de ramasser des mollusques et de pêcher du poisson dans les zones où croît cette algue.
En Méditerranée, ses toxines favorisent le développement des bactéries gram-négatives. Ce déséquilibre pourrait avoir une influence sur l'environnement, mais rien n'a encore été concrètement observé par les scientifiques.
Aucune véritable action d'éradication à grande échelle de la Caulerpa taxifolia n'a pour l'instant été entreprise par les pouvoirs politiques. La Marine nationale en France s'occupe d'éradiquer l'algue, mais uniquement dans les zones sous son contrôle direct.
Le Parc national de Port-Cros organise chaque année une session autour de l'île de Port-Cros et une autre à Porquerolles de détection et d'éradication de la Caulerpa Taxifolia mais seulement sur des zones faiblement contaminées, aucun procédé n'étant véritablement applicable sur de grandes surfaces à ce jour (à savoir en 2006).