Les autorisations de prélèvements et de rejets d'eau non radioactifs dans le domaine public fluvial nécessaire au fonctionnement des installations de Bugey sont règlementées par l'arrêté préfectoral du 18 décembre 1995 et par l'arrêté ministériel du 11 juin 2004 pour les situations climatiques exceptionnelles.
Limite règlementaire (arrêté préfectoral) de l'échauffement du cours d'eau et de températures:
Nota: l'échauffement est principalement due aux unités n°2 et 3 qui ne sont pas refroidies par les aéroréfrigérants.
Les prélèvements d'eau dans le Rhône sont les suivants : (ordre de grandeur)