Description des plantes de l'Amérique (Paris, imprimerie royale, 1693). Exemplaire numérisé par la Bibliothèque Nationale.
Nova plantarum americanarum genera (Paris, éd. joannem Boudet, 1703-1704). Exemplaire numérisé par la Bibliothèque Nationale.
Traité des fougères de l'Amérique (Paris, 1705).
L'Art de tourner ou de faire en perfection toutes sortes d'ouvrages au tour (1re éd. Lyon, 1701 ; 2e éd. Paris, éd. Jombert, 1749).
Plantarum americanarum, quas olim Carolus Plumierus detexit (Amsterdam, publication posthume par les soins de Johannes Burman (1707-1780), 1755-1760). Version numérique sur Botanicus des fascicules 1 à 5 et 6 à 10 avec illustrations.
Hommages
La ville de Marseille a lui a donné le nom d'une rue.
La ville de Rochefort a également donné le nom d'une rue où se trouve un centre de conservation du bégonia. En effet Bégon, après son départ de Marseille, fut nommé intendant de la marine à Rochefort.