Le fonctionnement d'Euratom butte sur l'absence d'autorité supranationale et les intérêts nationaux. La France engagée dans un programme nucléaire spécifique à finalité militaire, participe peu aux programmes d'Euratom. De plus à partir de 1968, Euratom et la CECA perdent toute spécificité dans le dispositif général des Communautés, les exécutifs fusionnant dans la même structure après le Traité de fusion des exécutifs communautaires.
Cette guerre des filières dura environ dix ans, jusqu'en 1969. L'Euratom avait pour mission de coordonner les programme nationaux et de les intégrer dans le programme communautaire. Le problème de coordination s'est révélé en ce qui concerne les réacteurs et notamment sur le point de savoir lequel du réacteur à uranium enrichi ou du réacteur à uranium naturel devait être utilisé.
La France, partisane du réacteur à uranium naturel, avançait des arguments politiques tels l'indépendance qu'il permettait en matière d’approvisionnement ou encore les avantages qu’il présentait pour la production du plutonium. De plus, l'uranium naturel nécessite des centrales dont les investissements d'installation sont importants, néanmoins l'exploitation reste moins couteuse.
L'uranium enrichi, défendu par l'Allemagne, l'Italie et le Benelux, a l'avantage de la polyvalence dans ses applications et contrairement à l'uranium naturel, l'uranium enrichi nécessite des investissements d'installation qui sont, au départ, plus faibles mais dont le coût d'exploitation est plus élevé. La finalité étant de produire de l'électricité mais aussi de répondre à d'autres problèmes de la vie industrielle moderne, la polyvalence de l'uranium enrichi ainsi que les installations moins encombrantes qu'il implique font parties des arguments en faveur de ce choix.
Cette différence de coûts permet de distinguer le cas où prévaut l’initiative de l’État dans tout le secteur énergétique (l'indépendance prévaut donc sur le marché) et le cas inverse ou les producteurs se baseront sur des critères de rentabilités et chercheront à faire supporter le coût aux consommateurs.
Mario Pedini, membre du Parlement européen, estime que cette « guerre des filières » est inutile. Selon lui il n'y a pas à choisir entre l'uranium enrichi et l'uranium naturel. En effet il s'agit, selon lui, de préparer les infrastructures, les services, les éléments économiques, et les dimensions du marché au sein duquel « la structure nucléaire d'une industrie européenne moderne » se développera.
La France s'efforçait dans le même temps de mettre au point un prototype de réacteur rapide et autonome qui concurrençait un prototype du même type qui était en voie de construction en Allemagne. Cette dispersion des ressources humaines et financières constitue le principal obstacle à de réels progrès scientifiques. L'Euratom n'aurait ainsi pas réussit à imposer un programme communautaire aux organismes nationaux de politique atomique qui restaient par conséquent prédominant.
« On peut encore remédier à tout cela, estime le rapporteur, l’essentiel est de ne pas laisser prévaloir les tendances qui visent les unes à subordonner la Communauté à la nation, les autres à réduire la Communauté atomique à n’être qu’un centre expérimental incapable d’influencer la politique nucléaire de l’Europe. L’action communautaire est indispensable et il convient d’en poser dès maintenant les prémisses. De quelle façon ? En assurant une coordination judicieuse entre les programmes communautaires et les programmes nationaux entre les prévisions générales et les prévisions particulières. »
— Mario Pedini,
Cette prédominance s'explique aussi par le fait que, lors de la création de l'Euratom, d'importantes fractions du Parlement français imposèrent que la France puisse continuer ses efforts militaires en ce qui concerne la bombe. Une partie du domaine nucléaire échappa donc à la Communauté.