Les CD sont couramment protégés par des boitiers standards en plastique. Ce matériau, bien que fragile (des fissures apparaissent si l'on appuie dessus, et à l'usage, les pattes permettant l'ouverture du boitier se cassent), a été choisi pour ses propriétés optiques. Très transparent, il permet la création d'un boitier attractif, ou l'on peut glisser une feuille ou un livret, afin d'améliorer la présentation.
Il existe également des boitiers deux fois plus fins pour un CD, dits boitiers "slim", ou encore des doubles boitiers pour les double albums, voir plus par différents montage. On trouve aussi des pochettes en papier ou carton (alors souvent désignés par l'apellation "Digipack"). Certains albums ont eu une pochette dans d'autre matériaux (verre, bois, carton recyclé...) dans le cas d'édition limités ou de promotion en rapport avec le CD.
Initialement prévue pour plusieurs décennies, la longévité des CD a été revue recemment à la baisse, suite à l'analyse du laboratoire national de métrologie et d'essais.longévité des CD