L'AIMM (Association des Ingénieurs en Mécanique et Microtechniques) rassemble l'ensemble des élèves diplômés de l'Ensmm.
L'ensemble des associations de l'école est géré par le Bureau des Elèves (BDE) élu pour un an.
L'ENSMM propose à ses étudiants la pratique d'activités sportives : aviron, badminton, basket, capoeira, escalade, football, foot féminin, handball, katori, pétanque, rando, rugby, rugby féminin, squash, street hockey, ultimate et volley.
Les autres associations sont µConseil(Micro-entreprise étudiante), 4L Trophy, Projet Hélios (Promotion des énergies renouvelables), E=Meuh-Meuh (Club de robotique), µ-Shell (Eco-Marathon Shell), Gala (Préparation du Gala), Ingénieurs sans frontières, Club méca, Micropromotion (Élaboration des vêtements et objets aux couleurs de l'école), ENSMM Sportmeca (équipe de rallye automobile), La Besace (préparation du guide de l'étudiant de Besançon), Play-Meuh (jeux en tous genres), ENSMM actu (journal de l'école), µ-rock (club de rock), rallye, µ-bar (organisation de soirées et gestion de la cafétéria du foyer)…