Santa Maria della Misericordia est une église catholique déconsacrée de Venise, en Italie.
Bâtie en 936 comme église d'abbaye, elle fut d'abord nommée Santa Maria di Val Verde (du nom original de l'île sur laquelle elle fut construite). En 1348, tous les moines moururent de la peste, tandis que l'abbé survivant mourut en 1369 laissant le patronage de l'église à la famille Moro. L'église fut agrandie au XIIIe siècle et la façade dessinée par l'architecte bolognais Clemente Moli, fut ajoutée lors de la reconstruction en 1651-59. Ces travaux furent financé par le philosophe Gasparo Moro, dont le buste sculpté par Moli figure au-dessus de la porte. Moli sculpta aussi les figures allégoriques de chaque côté de la porte et la Vierge sur le fronton segmentaire.
Le couvent étant dans un triste état et effondrée, il a été démoli au début du XIXe siècle. L'église a échappé à la suppression pendant la période napoléonienne, mais était dans un mauvais état lorsqu'elle a été pris en main en 1828 par l'abbé Pietro Pianton qui a réussi à rétablir une partie de son état d'origine. Le patriarche Domenico Agostini acheta le bâtiment en 1844, afin d'éviter qu'il ne devienne une église évangélique. Après sa mort en 1864, le travail de Pianton fut annihilé. La famille Mor-Lin racheta l'église et dispersa les œuvres d'art acquis. L'église ferma en 1868, mais rouvrira au début du XXe siècle. La dernière messe y fut célébrée le 17 août 1967.
L'ancienne Scuola della Misericordia pour sa part fut construite pour la confrérie de la Miséricorde dans la première moitié du XVe siècle par la famille Bon. Elle avait un arc gothique avec un grand relief de la Madonna della Misericordia attribué à Bartolomeo Bon. L'arche fut démolie en 1612 et le relief se trouve maintenant dans le Victoria and Albert Museum à Londres. En 1583, la Confrérie fut transférée vers la nouvelle Scuola, édifice gothique immense et inachevé à l'autre bout du pont. L'ancienne Scuola devena un hospice et en 1643 maison de guilde des tisserands de vêtements en soie. Elle fut ensuite utilisée comme théâtre et maintenant le complexe est utilisé comme un centre de restauration d'art.