Ce syndicat se revendique du syndicalisme de lutte se démarquant du syndicalisme dit "de co-gestion". Il revendique l'abrogation de la réforme LMD, et de façon plus générale, l'abrogation de toute la législation qui a instauré puis développé l'autonomie des universités (notamment les lois Faure de 1968 et Savary de 1984). La première action nationale de la nouvelle FSE a été, dès la première année universitaire suivant son congrès de refondation (2003-2004), d'appeler à une journée d'action contre le projet Ferry d'autonomie des universités suivant l'appel relayé par d'autres organisations étudiantes. Les militants de la FSE se sont investis en 2006 contre la loi sur l’égalité des chances. La grève et les piquets de grèves sont pour la FSE le moyen d'établir un rapport de forces afin d’obtenir gain de cause sur des revendications. Les militants de la FSE ont oeuvré à l'auto-organisation du mouvement, s'opposant ainsi au point de vue de l'UNEF.
La FSE se positionne contre le processus de Bologne (lancé en 1999) qui organise au niveau européen les attaques contre les acquis des travailleurs et pour soumettre l'enseignement supérieur aux intérêts du capital (« capitalisation » de l'enseignement supérieur) et s'est donc prononcé contre le Traité constitutionnel européen. Il refuse les différentes orientations contenues dans les traités européens, considérant qu'ils portent atteinte au service public de l'éducation, qu'ils remettent en cause la gratuité des études, renforcent la sélection sociale et les discriminations, instituent la rentabilité et la marchandisation comme règles au détriment de la qualité des enseignements et de la reconnaissance des diplômes.
Comme syndicat anti-impérialiste, et donc internationaliste, elle soutient la lutte des peuples opprimés, et prend ouvertement position en faveur du peuple palestinien, guadeloupéen ou encore de Kanaky.
La FSE a participé activement au mouvement contre la loi LRU en automne 2007 et en hiver/printemps 2009.
Divers journaux comme Le Monde ou Le Figaro, dans des articles sur les mouvements étudiants, classent la Fédération syndicale étudiante et plusieurs autres organisations impliquées comme appartenant ou étant proche de l'extrême gauche.
La FSE cherche à favoriser les convergences des syndicats de lutte, ce qui explique qu'elle co-signe certains de ses tracts avec un nombre restreint d'organisation étudiante comme SUD Étudiant, l'AGEN mais aussi avec les syndicats de personnels IATOS ou enseignants comme la CGT éduc'action, SUD Éducation, la CNT FTE et Emancipation. Elle cherche à construire une alternative tant au niveau des méthodes que des orientations syndicales, rompant ainsi avec les pratiques des syndicats étudiants jugés peu revendicatifs tel que l'Unef ou la Cé.
En septembre 2005, la FSE a lancé au niveau national le "processus de fusion du syndicalisme de lutte" visant à rassembler l'ensemble des syndicalistes de lutte (militants de SUD Étudiant, de la TTE-UNEF, de la CNT-FAU, de syndicats locaux comme l'AGEN, l'AGEC, la FSEUL) dans une nouvelle organisation. Quatre réunions nationales ont été organisées, en décembre 2005 et en mai 2006, puis poursuivies en Mars et octobre 2008, n'aboutissant à aucune véritable prise de décisions, ni même à une déclaration commune(seulement à un appel en Mars 2008, signé par les individus syndiqués présents).
La FSE participe activement aux initiatives interprofessionnelles et entretiens des relations avec des collectifs de lutte de classe, tels que le CILCA ou encore Où va la CGT, et des syndicats de classe comme la CGT-E Dalkia. Elle fut notamment à l'initiative avec le collectif Tous-Ensemble Rhône-Alpes d'une coordination nationale interprofessionnelle, réunie à Lyon le 20 Juin 2009. Localement elle entretient également des relations avec des organisations lycéenne comme le SPEP (Syndicat Pour une Éducation Populaire) à Vienne qui a participé à la coordination nationale interprofessionnelle à Lyon le 20 Juin, ou encore le CILL(Collectif Indépendant de Lutte Lycéenne).
Au niveau international la FSE a des contacts avec différents syndicats étudiants notamment l'ASSÉ au Québec, la FNEB au Bénin et le Syndicat Indépendant des Écoliers, Étudiants et Apprentis (SISA) en Suisse et travailleurs comme l'UGTG en Guadeloupe.
En Automne 2007, la FSE participa activement à la création du CECAU (collectif étudiant contre l'autonomie des universités) avec d'autres organisations de jeunesse (JCR, UEC, Sud étudiant), qui fut actif dans le premier mouvement étudiant contre la loi LRU.
La FSE n'est pas considérée comme étant un syndicat représentatif dans le monde étudiant car elle ne dispose d'aucun d'élu au sein du CNOUS ou du CNESER.
CNESER 2002 | CNESER 2004 | CNESER 2006 | CNESER 2008 | CNESER 2010 | |
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suffrages exprimés | 1689 voix | 1887 voix | 1926 voix | 2023 voix | 2056 voix |
SUD Étudiant + FSE | 119 voix | — | 68 voix | 131 voix | 104 voix |
SUD Étudiant | — | 88 voix | — | – | — |
FSE | — | 50 voix | — | – | — |
La FSE a remporté les élections au Conseil d'administration et au Conseil des études et de la vie universitaire de l'Université Lumière Lyon 2 lors des élections étudiantes organisées dans cette université en 2008. Bien que l'UNEF ait obtenu plus d'élus en tenant également compte du Conseil scientifique, la FSE avait la majorité relative des voix sur l'ensemble de l'établissement. Cependant les élections du 9 et 10 Mars 2010 vit l'UNEF redevenir majoritaire au Conseil d'administration et au Conseil des études et de la vie universitaire de l'Université Lumière Lyon 2
Elle est également majoritaire dans un certain nombre d'université où elle est implantée, comme Toulouse II-Le Mirail sur une liste commune avec SUD Étudiant.