Si le gavial du Gange est un animal sacré, que l'on nourrit même près de certains temples, on le chasse de plus en plus aujourd'hui en raison de la qualité de sa peau, très recherchée par les maroquiniers. Il est, de ce fait, en voie de disparition. Ils sont également accidentellement tués par des pêcheurs. L'accroissement du trafic fluvial ainsi que l'agriculture les ont également désavantagés. Leur nombre a considérablement diminué bien qu'ils soient officiellement protégés.
Courant autrefois, il fut décimé par une chasse intensive, une destruction de son habitat et par la compétition pour le poisson, qui constituait sa nourriture principale. Au milieu des années 1970, on estimait sa population totale à 300 spécimens. Aujourd'hui on évalue à environ 1 500 le nombre d'individus vivant à l'état sauvage en Inde, dont 1 000 sur la Chambal, mais le gavial reste une espèce menacée d'extinction.
Leur avenir dépend d'une rigoureuse mise en application de la loi et de l'observation de la règlementation restreignant le commerce des peaux. Une autre possibilité serait d'établir des réserves destinées à la reproduction dans des conditions se rapprochant le plus possible de leur habitat naturel.
Il existe peu de spécimens vivant en captivité et, dans la plupart des cas, les conditions n'ont pas été favorables à la reproduction.
Le Parc national de Chitawan comptait 16 nids en 1977 après que 300 adultes aient été libérés. Plus de 5000 juvéniles ont ensuite été libérés, en grande partie en habitat hostile, dans les cours d'eau indien et népalais et laissés à leur sort. On n'a dénombré plus que 6 nids dans ce parc en 2006. La politique de réintroduction a donc été un échec. L'extinction a été évitée, mais les pressions humaines sur les habitats sont telles que les ressources en poisson disponible ne peuvent suffire aux gavials.