Les logiciels de contrôle de versions sont nombreux. Sous UNIX, il y a eu SCCS qui a suscité un logiciel libre alternatif : RCS (Revision Control System) qui est devenu un standard de fait. Comme RCS ne gère que des fichiers individuels, nombre de ses utilisateurs ont créé des sur-couches gérant les arborescences de fichiers. Certaines de ces sur-couches furent distribuées librement. Il en fut ainsi de PRCS et de CVS. CVS est devenu extrêmement répandu dans le monde du logiciel libre sur Internet, mais aussi dans les entreprises. CVS est simple à mettre en œuvre et offre les fonctionnalités fondamentales qu'attendent ses utilisateurs.
Mais l'histoire des logiciels de contrôle de versions ne s'arrête pas en 2006 et de nouveaux logiciels libres concurrencent CVS, comme par exemple GNU Arch, Subversion, SVK, darcs, Mercurial, Bazaar, Git ou Monotone.
Dans le monde propriétaire, ClearCase (de IBM), Synergy/CM (de Telelogic, société rachetée en 2008 par IBM) et Serena Dimensions (de Serena) sont les plus répandus. Visual Source Safe (de Microsoft) est largement utilisé aussi, notamment du fait de son intégration avec l'outil de développement Visual Studio, malgré de nombreuses lacunes et des mises à jour peu fréquentes. En 2006, Microsoft lance une nouvelle famille d'outils de développement et de gestion de configuration logicielle sous le nom de Team Suite et Team Foundation Server. Cette suite qui s'appuie sur Visual Studio 2005 intègre entre autres un nouveau logiciel de gestion de versions plus complet et ambitieux que Visual Source Safe. Il existe aussi Perforce et AlienBrain, ce dernier étant souvent utilisé dans le monde du jeu vidéo car particulièrement adapté à la gestion de ressources graphique et sonores (assets) grâce à un système évolué de visualisation.